椭圆叶花锚简化基因组的SSR信息分析及SSR引物开发

作     者：王久利 陈世龙 邢睿 宋相杰 朱明星 张发起 WANG Jiu-Li;CHEN Shi-Long;XING Rui;SONG Xiang-Jie;ZHU Ming-Xing;ZHANG Fa-Qi

作者机构：中国科学院高原生物适应与进化重点实验室中国科学院西北高原生物研究所西北生态环境资源研究院西宁810008 中国科学院大学北京100039 青海大学生态环境工程学院西宁810016 青海省作物分子育种重点实验室西宁810008 

基　　金：国家自然科学基金(31400322) 青海省应用基础研究计划(2016-ZJ-761) 青海省自然科学基金青年基金(2015-ZJ-925Q)青海省作物分子育种重点实验室(2017-ZJ-Y14) 

出 版 物：《植物研究》 (Bulletin of Botanical Research)

年 卷 期：2018年第38卷第2期

页      码：292-297页

摘      要：基于RAD-seq简化基因组测序技术获得椭圆叶花锚(Halenia ellipitica ***)简化基因组水平上的序列信息并开发SSR分子标记。利用SR search软件检测而得到双端各有至少100 bp的五种类型的SSR(二、三、四、五、六核苷酸)位点共6 201个,并成功设计其中3 865个SSR引物。在能成功设计引物的SSR位点中,三核苷酸SSR位点最多;重复序列长度包括17种(12~36 bp);重复序列的基序共达316种,其中五核苷酸基序种类最多(91种)。从中挑选65对可对应五种SSR类型的引物,经梯度PCR检验后,利用椭圆叶花锚的4个居群32个个对可扩增的引物进行PCR和聚丙烯酰氨凝胶电泳检测,其中14对引物能在绝大多数个体中扩增,且13对具多态性。13个多态性位点的等位基因数量均值为5.462,多态性较高且不连锁(P<0.05);其中10个位点在多数居群中偏离哈迪温伯格平衡(P<0.01)且存在较高的纯合子数量(观测杂合度Ho均值0.226);近交系数在-0.443~1,均值为0.656;基因流N_m为0.474。

主 题 词：椭圆叶花锚 RAD—seq SSR分子标记 简化基因组测序 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 071001[071001] 07[理学] 

核心收录：

D　O　I：10.7525/j.issn.1673-5102.2018.02.018

馆 藏 号：203284943...