基于实验数据集对常用蛋白抗原空间表位预测工具的测评

作     者：徐小莲 孙静 刘琦 王晓婧 徐天磊 朱瑞新 吴迪 曹志伟 

作者机构：华东理工大学生物反应器工程国家重点实验室上海200237 上海生物信息技术研究中心上海200235 同济大学生命科学与技术学院上海200092 

基　　金：国家重点基础研究发展计划(2004CB720103 2006AA02312) 上海市教育发展基金会(2000236018 2000236016) 同济大学青年优秀人才培养行动计划(2008KJ073) 上海市自然科学基金(07ZR14085)资助项目 

出 版 物：《科学通报》 (Chinese Science Bulletin)

年 卷 期：2010年第55卷第18期

页      码：1810-1815页

摘      要：抗体分子对蛋白抗原的结合主要通过表位区域进行,而表位区域的氨基酸残基通常形成不连续的、构象的或者空间的表位区域,而不是抗原表面上的线性连续片段.已有许多算法可以用来预测构象表位,并且基于各自的测试集,各种工具对空间表位的预测都声称取得了杰出的效果.本文收集了由实验方法确定的空间表位数据并建立了一套独立的测试集.基于这套测试集,采用灵敏度、真阳性预测率、成功挑选率和接受者操作特性曲线下面积(AUC)等参数对常用蛋白抗原空间表位预测工具进行了评估,工具包括SEPPA,CEP,DiscoTope,ElliPro,PEPOP和BEpro等.测试集评估结果表明,6种蛋白抗原空间表位预测工具预测性能仍有待提高.其中,SEPPA预测性能相对较好,然而计算得到的灵敏度、真阳性预测率、成功挑选率和平均AUC值也并不理想.评估结果还表明,预测工具采用的空间表位训练和测试数据集以及预测算法对预测结果的准确性有较大影响.以上分析结果为改进B细胞蛋白抗原空间表位预测方法和为免疫原性多肽和新型疫苗分子的设计提供新的启示.

主 题 词：不连续表位 构象表位 独立测试集 表位预测 蛋白质抗原 

学科分类：1001[医学-基础医学] 100102[100102] 10[医学] 

核心收录：

D　O　I：10.1360/csb2010-55-18-1810

馆 藏 号：203287337...