蒙古黄芪转录组SSR标记开发及遗传多样性研究

作     者：贺润丽 韩毅丽 王芳 刘计权 王莉花 HE Run-li;HAN Yi-li;WANG Fang;LIU Ji-quan;WANG Li-hua[2.]

作者机构：山西中医药大学中药学院山西太原030619 云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所云南省农业生物技术重点实验室农业部西南作物基因资源与种质创制重点实验室云南昆明650223 

基　　金：山西省自然科学基金项目(201601D011124) 山西省中药现代化关键技术研究振东专项(2016ZD0108) 山西中医学院博士科研启动基金项目(2014) 

出 版 物：《中国中药杂志》 (China Journal of Chinese Materia Medica)

年 卷 期：2018年第43卷第9期

页      码：1838-1843页

摘      要：为开发蒙古黄芪新的SSR标记及为黄芪分子标记辅助育种提供有力工具,该研究利用MISA软件对蒙古黄芪转录组测序序列长度在1kb以上的18040条unigene进行SSR位点信息搜索、分析,利用Primer3设计SSR特异引物并随机选择110对引物进行验证。结果显示在蒙古黄芪转录组共搜索到5640个SSR,分布于4462条unigene,SSR位点出现频率为31.26%,平均每6514bp含1个SSR位点。SSR位点中单核苷酸重复是主要类型,占总SSR的36.72%,其次是三核苷酸重复和二核苷酸重复,分别占32.57%,27.73%。在SSR位点所包含的75种重复单元中,A/T（2026）出现频率最高,AG/CT（1179）,AAG/CTT（477）次之。随机选择合成的110对引物中有97对（88.18%）可以扩增出条带,选择条带清晰稳定的19对引物,利用UPGMA作图,将20个样品分为2类。可见蒙古黄芪转录组中SSR位点出现频率高,类型丰富,大量的SSR为其遗传多样性分析、分子鉴定、遗传图谱构建和分子标记辅助育种等研究提供了丰富的候选分子标记。

主 题 词：蒙古黄芪 转录组 SSR信息 遗传多样性 

学科分类：1008[医学-中药学类] 10[医学] 

核心收录：

D　O　I：10.19540/j.cnki.cjcmm.20180307.002

馆 藏 号：203289370...