大竹蛏(Solen grandis)cDNA文库中微卫星标记的筛选

作     者：乔洪金 刘相全 孙国华 房景辉 韦秀梅 张滔 

作者机构：山东省海洋水产研究所山东省海洋生态修复重点实验室烟台264006 鲁东大学生命科学学院烟台264025 

基　　金：山东省农业良种工程项目"优质高产抗逆贝类良种选育"资助 2009-2013 水生动物营养与饲料"泰山学者"岗位经费资助 2007-2012 山东省自然科学基金(ZR2012CM037)资助 2012-2015 

出 版 物：《海洋与湖沼》 (Oceanologia Et Limnologia Sinica)

年 卷 期：2012年第43卷第6期

页      码：1128-1133页

摘      要：利用微卫星查找软件SSRIT对大竹蛏cDNA文库(2038条EST)中2—6个碱基重复单元组成的简单序列重复进行了筛选。最少重复次数设定为5次,共发现包含微卫星位点的EST96条,占整个EST数据库的4.71%;共发现微卫星位点103个,其中含双碱基重复序列77个,数量最多,占总数的74.76%;三、四碱基重复序列分别占微卫星序列总数的22.33%、2.91%,没有发现五或六碱基的重复。对含有SSR位点符合微卫星引物设计的EST序列,利用在线引物设计软件Primer3设计合成引物14对,以南通野生群体为模板PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳发现,其中5对有多态性位点。在5个微卫星位点上,等位基因的数目从2—7个不等,观测杂合度和期望杂合度分别为0.067—1.000和0.066—0.775,香农指数在0.146—1.545之间。结果表明,所筛选的微卫星标记可用于遗传分析。

主 题 词：大竹蛏 微卫星 表达序列标签 等位基因 

学科分类：090801[090801] 0908[0908] 09[农学] 

核心收录：

D　O　I：10.11693/hyhz201206014014

馆 藏 号：203294682...