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斯氏副柔线虫GP基因的克隆、抗原表位预测及生物信息学分析

斯氏副柔线虫GP基因的克隆、抗原表位预测及生物信息学分析

作     者:赵学亮 王梦雅 孙柯 冯陈晨 王文龙 ZHAO Xueliang;WANG Mengya;SUN Ke;FENG Chenchen;WANG Wenlong

作者机构:内蒙古农业大学兽医学院农业部动物疾病临床诊疗技术重点实验室呼和浩特010018 内蒙古农业大学动物科学学院呼和浩特010018 

基  金:国家自然科学基金项目(31260603) 内蒙古自然科学基金项目(2016MS0341) 内蒙古自治区研究生科研创新资助项目(S20171012913) 

出 版 物:《中国畜牧兽医》 (China Animal Husbandry & Veterinary Medicine)

年 卷 期:2018年第45卷第6期

页      码:1645-1652页

摘      要:试验旨在克隆斯氏副柔线虫糖蛋白(glycoprotein,GP)抗原基因,并对其进行生物信息学分析。提取斯氏副柔线虫组织RNA,反转录合成cDNA,设计特异性引物以扩增GP基因CDS区,同时将其插入到克隆载体pMD19-T后测序,并对该基因编码蛋白的抗原表位、理化性质、信号肽、跨膜结构域等进行生物信息学预测。结果表明,GP基因开放阅读框(ORF)全长1 149bp,编码382个氨基酸,其分子式为C1760H2878N458O590S1760,理论分子质量约为40.15ku,等电点为4.37,无信号肽,总平均亲水性为0.032,不稳定系数为42.43,是疏水、不稳定蛋白;其磷酸化位点分布位于丝氨酸(Ser)、苏氨酸(Thr)和酪氨酸(Tyr)残基上;二级结构分析显示,斯氏副柔线虫GP蛋白以α-螺旋和无规则卷曲为主,与三级结构预测结果一致;抗原表位预测表明,GP蛋白可能有6个B细胞抗原表位和8个T细胞抗原表位,有望用作免疫诊断抗原和疫苗候选抗原。本研究成功克隆了斯氏副柔线虫GP基因,同时进行了系统的生物信息学分析和抗原表位预测,为斯氏副柔线虫病iELISA诊断方法的建立和DNA疫苗的研究提供理论依据。

主 题 词:斯氏副柔线虫 GP基因 抗原表位 生物信息学 

学科分类:090601[090601] 09[农学] 0906[农学-水产类] 

D O I:10.16431/j.cnki.16717236.2018.06.028

馆 藏 号:203296422...

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