RNA二级结构预测算法

作     者：李恒武 朱大铭 

作者机构：青岛大金马摩托车有限公司青岛266510 山东大学计算机学院济南250100 

出 版 物：《计算机科学》 (Computer Science)

年 卷 期：2002年第29卷第Z1期

页      码：275-278页

摘      要：　　1引言 　　热动力学最小自由能量方法预测RNA二级结构起始于Tinoco等人[1].1975年Pipas与Mcmahom首先进行了最小化自由能量的计算方法的研究[2],其时间复杂度为O(2n),且仅用于小于200个核苷酸的短序列.Studnicka等进一步定义了折叠RNA分子的精密的拓朴规则[3],其算法的时间复杂度为O(n5),该算法需要人为干预,对较长序列的解一般是次最优的.Nussinov首次引入动态规划算法[5],算法只考虑临近碱基的相互作用,其时间复杂度为O(n3).Zuker首次将动态规划算法用于复杂的Tinoco自由能量模型,设计了mfold算法,算法的时间复杂度为O(n3)[6].Sankoff对mfold算法的性质进行了严格的理论分析[7].……

主 题 词：二级结构 预测算法 复杂度 规划算法 自由 能量模型 人为干预 热动力学 能量方法 理论分析 计算方法 法的性质 核苷酸 短序列 次最优 长序列 折叠 拓朴 设计 精密 

学科分类：08[工学] 0812[工学-测绘类] 

核心收录：

D　O　I：10.3969/j.issn.1002-137X.2002.z1.100

馆 藏 号：203300077...