2008年柯萨奇病毒A组16型昆明分离株KMM08全基因组序列分析

作     者：马绍辉 潘玥 何春艳 陈俊英 施海晶 孙强明 李琦涵 MA Shao-hui;PAN Yue;HE Chun-yan;CHEN Jun-ying;SHI Hai-jing;SUN Qiang-ming;LI Qi-han

作者机构：中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室昆明650118 

基　　金：国家重大科技专项 

出 版 物：《中华流行病学杂志》 (Chinese Journal of Epidemiology)

年 卷 期：2012年第33卷第2期

页      码：220-225页

摘      要：目的分析柯萨奇病毒A组16型（CA16）昆明分离株KMM08全基因序列，了解其遗传特性。方法设计针对CA16引物，提取病毒RNA，RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列。利用Mega4．1，RDP3和SimPlot3．5．1等软件分析全基因序列。结果获得KMM08全基因组核苷酸序列长度为7409bp，编码含2193个氨基酸残基的多聚蛋白；与其他CA16参考株核苷酸和氨基酸同源性分别为79．0％～98．2％和94．5％～99．3％，其中SZ—HK08-3与国际标准株G10核苷酸和氨基酸同源性分别79．1％和94．8％；而与肠道病毒71型（EV71）标准株BrCr同源性分别为78．7％和89．0％。在各个区段上，KMM08与***08—3的核苷酸和氨基酸同源性分别为97．0％～99．0％和98．0％-100．0％，同源性最高；与G10的核苷酸和氨基酸同源性分别为74．2％～86．9％和90．9％～97．0％；与Ev71BrCr核苷酸和氨基酸同源性分别在65．0％～84．9％和71．0％。95．2％。进化分析发现KMM08属于B基因型的一个分支。RDP3和SimPlot3．5．1软件分析发现Tainan．5079—98序列发现重组信号，而KMM08未发现。结论KMM08分离株为B基因型；CA16与EV71在非结构区发生重组。

主 题 词：柯萨奇病毒A组16型 全基因组 序列分析 

学科分类：1002[医学-临床医学类] 10[医学] 

核心收录：

D　O　I：10.3760/cma.j.issn.0254-6450.2012.02.021

馆 藏 号：203303552...