起始密码子下游区域AT含量优化工具BestAT的开发与应用

作     者：余劲聪 唐龙盘 方柏山 YU Jin-cong;TANG Long-pan;FANG Bai-shan

作者机构：福建省高校工业生物技术重点实验室(华侨大学)福建厦门361021 厦门大学化学化工学院化学工程与生物工程系福建厦门361005 

基　　金：国家自然科学基金资助项目(21076172 30770059) 高等学校博士学科点专项科研基金(20070385001) 福建省高校产学合作科技重大项目(2010H6023) 

出 版 物：《生物信息学》 (Chinese Journal of Bioinformatics)

年 卷 期：2012年第10卷第1期

页      码：1-4页

摘      要：基因的表达水平受到起始密码子下游区域AT含量的影响,从巨大的序列集中筛选出具有特定AT含量和密码子用法特征的同义序列是一个繁琐的工作。本文研发AT含量优化工具"BestAT",初步解决了自动获取海量同义序列和充分展示同义序列的密码子用法特性两个关键问题,并且实现了与密码子用法数据库(CUD)的无缝结合,采用了密码子参数的原位标示和AT含量曲线等直观方式展示序列特性,为这类实验设计提供有力的支持。

主 题 词：起始密码子下游区域 AT含量 密码子优化 BestAT软件 甘油脱氢酶 

学科分类：08[工学] 09[农学] 0835[0835] 0901[农学-植物生产类] 0836[0836] 090102[090102] 081202[081202] 0812[工学-测绘类] 

D　O　I：10.3969/j.issn.1672-5565.2012.01.01

馆 藏 号：203303617...