水牛SND1基因克隆及生物信息学分析

作     者：黄韵琪 邓廷贤 唐辉 马小娅 梁莎莎 陆杏蓉 段安琴 王文文 庞春英 梁贤威 HUANG Yunqi;DENG Tingxian;TANG Hui;MA Xiaoya;LIANG Shasha;LU Xingrong;DUAN Anqin;WANG Wenwen;PANG Chunying;LIANG Xianwei

作者机构：山东农业大学泰安271000 中国农业科学院广西水牛研究所农业部(广西)水牛遗传繁育重点实验室南宁530001 

基　　金：广西科技攻关项目(桂科合15104001-3) 广西科技重大专项(桂科AA16450002) 广西水牛遗传繁育重点实验室开放课题(SNKF-2016-02) 

出 版 物：《中国畜牧兽医》 (China Animal Husbandry & Veterinary Medicine)

年 卷 期：2018年第45卷第7期

页      码：1759-1767页

摘      要：试验旨在利用电子克隆法对水牛SND1(staphylococcal nuclease and tudor domain containing 1)基因进行克隆和序列分析,为探究该基因对水牛泌乳性能的作用机制奠定基础。以奶牛SND1基因(GenBank登录号:NM_205784.1)作为种子序列,利用Primer Premier 5.0设计3对引物,以水牛基因组DNA为模板,PCR扩增水牛SND1基因mRNA序列,扩增获得序列连接pMD18-T载体,通过测序拼接获得水牛SND1基因mRNA全序列,并对其进行生物信息学分析。结果显示,水牛SND1基因完整编码序列长为3 503bp,包含长为2 733bp CDS序列,编码910个氨基酸,蛋白分子式为C4523H7183N1281O1354S26,分子质量为102.01ku,理论等电点(pI)为6.74,不稳定系数为42.07,平均亲水性为-0.419,属可溶酸性蛋白。二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,其中α-螺旋占37.80%,无规则卷曲占34.18%。结合Protfun 2.2在线软件对SND1的功能进行预测分析表明,该蛋白在嘌呤和嘧啶、中央中间代谢、能量代谢、氨基酸生物合成发挥功能的可能性分别为0.449、0.401、0.303和0.262。SND1基因编码区序列与黄牛、绵羊、山羊、猪、马、人的同源性分别为98.7%、97.8%、97.8%、93.8%、93.1%和91.7%,物种之间同源性较高,系统进化情况与其亲缘关系远近一致。利用SMART在线软件预测蛋白结构域,结果显示,水牛SND1蛋白包含有4个SN区域,说明SND1基因编码区在进化过程中较为保守。

主 题 词：水牛 SND1基因 生物信息学分析 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 07[理学] 08[工学] 09[农学] 071007[071007] 0901[农学-植物生产类] 0836[0836] 090102[090102] 

D　O　I：10.16431/j.cnki.1671-7236.2018.07.004

馆 藏 号：203304706...