基于转录组数据的银鲴微卫星位点筛选

作     者：赵良杰 彭新亮 郭旭升 ZHAO Liang-jie;PENG Xin-liang;GUO Xu-sheng

作者机构：信阳农林学院水产学院河南省渔业生物工程技术研究中心河南信阳464000 

基　　金：河南省科技攻关项目(162102110053) 

出 版 物：《淡水渔业》 (Freshwater Fisheries)

年 卷 期：2018年第48卷第4期

页      码：23-29页

摘      要：采用Illumina高通量测序技术对银鲴(Xenocypris argentea)肝脏组织进行转录组测序分析,筛选微卫星标记并进行多态性检验。共获得7 272个微卫星位点。随机选取48个4碱基以上重复类型的SSR位点进行引物设计和PCR验证,有47对可以扩增出清晰稳定的条带。在上述47个位点中随机选择26对在洞庭湖银鲴群体中进行多态性分析,结果表明,具有多态性的微卫星引物为21对。不同多态位点得到的等位基因数范围为3~15,平均基因数为7.29±3.94,观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)以及香浓-威尔指数(H)平均值分别为0.532 7±0.211 4、0.613 6±0.196 4、0.564 6±0.198 0和1.302 0±0.577 9。21个微卫星位点中,有6个显著偏离哈代-温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium,HWE)。

主 题 词：银鲴(Xenocypris argentea) 转录组测序 微卫星标记 多态性 

学科分类：0908[0908] 09[农学] 

核心收录：

D　O　I：10.3969/j.issn.1000-6907.2018.04.004

馆 藏 号：203304733...