猪FUT2基因密码子使用偏好性分析及优化

作     者：戴开宇 黄焱杰 吴丽思 包文斌 吴圣龙 DAI Kaiyu;HUANG Yanjie;WU Lisi;BAO Wenbin;WU Shenglong

作者机构：扬州大学动物科学与技术学院江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室扬州225009 江苏省现代农业(生猪)产业技术体系良种繁育创新团队扬州225009 

基　　金：国家自然科学基金(31572360 31372285) 江苏省农业三新工程(SXGC302) 扬州大学中青年学术带头人资助 

出 版 物：《中国畜牧兽医》 (China Animal Husbandry & Veterinary Medicine)

年 卷 期：2018年第45卷第7期

页      码：1863-1872页

摘      要：为了揭示猪α-(1,2)岩藻糖转移酶2(FUT2)基因密码子使用特性并提高其在外源宿主内的表达量,本研究综合运用EMBOSS Explorer网站和CodonW软件包分析了猪FUT2基因的密码子使用偏好性的相关参数,并与3种模式生物(大肠杆菌、酵母菌和果蝇)基因组密码子使用模式进行比较,最后参照与之最为相近的模式生物基因组密码子使用方式,利用JCat和OPTIMIZER两个密码子优化网站对猪FUT2基因密码子进行优化。结果显示,猪FUT2基因表达水平不高,存在24种偏好密码子,且这24种偏好密码子中有23种以G/C结尾;猪FUT2基因与果蝇基因组密码子使用模式的差异小于大肠杆菌和酵母基因组,表明果蝇更适合猪FUT2基因的外源表达;根据果蝇基因组密码子使用模式优化猪FUT2基因密码子,优化后其适应指数有了明显提高,而整体GC含量没有明显变化,说明在理论上猪FUT2基因优化成功。本研究从翻译水平上揭示了猪FUT2基因的密码子使用特性,为其在遗传改良中选择最佳外源表达系统及提高其在宿主细胞内的表达水平提供一定的理论依据。

主 题 词：猪 FUT2基因 密码子使用偏好性 密码子优化 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 07[理学] 08[工学] 0905[农学-林学类] 09[农学] 071007[071007] 0836[0836] 090501[090501] 

D　O　I：10.16431/j.cnki.1671-7236.2018.07.017

馆 藏 号：203304989...