棉花非冗余性EST-SSR新标记的开发及其评价

作     者：王为 王长彪 刘方 陈浩东 王琳 王春英 张香娣 王玉红 王坤波 WANG Wei.;WANG Chang-Biao;LIU Fang;CHEN Hao-Dong;WANG Lin;WANG Chun-Ying;ZHANG Xiang-Di;WANG Yu-Hong;WANG Kun-Bo

作者机构：中国农业科学院棉花研究所/棉花生物学国家重点实验室河南安阳455000 江苏沿海地区农业科学研究所/农业部沿海盐碱地科学观测实验站江苏盐城224002 山西省农业科学院棉花研究所山西运城044000 湖南省棉花科学研究所/国家杂交棉研究推广中心湖南常德415101 

基　　金：国家重点基础研究发展计划项目(973计划)(2010CB126000) 中央级公益性科研院所基本科研业务专项(SJB1105) 国家自然科学基金项目(30900911 31000729) 江苏省科技支撑计划项目(BE2011304) 江苏省农业科技自主创新基金(自由探索类) 江苏沿海所所长基金项目(YHS201103) 山西省基础研究计划项目(2009021032-1) 

出 版 物：《作物学报》 (Acta Agronomica Sinica)

年 卷 期：2012年第38卷第8期

页      码：1443-1451页

摘      要：利用ClustalX等软件对公共数据库现有的393753条棉花EST序列分析,得到349815条非冗余EST序列,借助自主开发的SSRmine软件共发掘SSR位点11372个,分布于10507条EST中,EST-SSR的频率是3%,平均相隔21kb出现一个SSR。在2～6bp的重复基元中,三核苷酸和六核苷酸分别占34.1%、40.6%,二、三、四、五和六核苷酸基序分别以AG/CT、AAG/CTT、AAAT/ATTT、AAAAG/CTTTT和AAAAAG/CTTTTT的类型最多。利用去冗余的且在亚洲棉、陆地棉、海岛棉中没有被开发过的410条EST序列设计开发了200对非冗余性SSR引物,利用自主开发的SSRD软件通过SSR引物序列下载、预处理、Blastn、提取相似性分值≥81%的引物编号、提取引物冗余对、冗余引物写成一行6个步骤去除来源于自身部分同源序列以及与CMD释放的不同棉种相似性SSR引物,得到了非相似性引物,定名为CRIXXX(CRI即Cotton Research Institute)。并分别选用棉花12个种的代表性材料对其中100对进行引物功效评价,包括多态信息含量(polymorphism information content,PIC)及引物通用性研究。结果显示,从自主开发的100对SSR引物筛选出56对均能在12份材料间扩增出稳定明显的条带,其中多态性引物35对,多态率占35%。引物的PIC变幅为0.097～0.888,平均为0.482;1对海岛棉EST-SSR引物在12份材料间的通用性为100%,25对亚洲棉引物通用性为81%,74对陆地棉引物通用性为80.1%。

主 题 词：棉花 EST-SSR标记 冗余性 多态性 通用性 

学科分类：09[农学] 0901[农学-植物生产类] 

核心收录：

D　O　I：10.3724/SP.J.1006.2012.01443

馆 藏 号：203342186...