水稻全基因组R基因鉴定及候选RGA标记开发

作     者：汪旭升 吴为人 金谷雷 朱军 

作者机构：浙江大学农业与生物技术学院生物信息学研究所 福建农林大学作物科学学院福州350002 福建农林大学作物科学学院 

基　　金：国家高技术研究发展计划(批准号:2003AA207160,2002AA234031) 福建省自然科学基金(批准号:B9910011)资助项目 

出 版 物：《科学通报》 (Chinese Science Bulletin)

年 卷 期：2005年第50卷第11期

页      码：1085-1089页

摘      要：用45个已知功能的植物抗病(R)基因序列对粳稻全基因组序列进行搜索, 共找出2119个R基因同源序列或类似物(RGA), 表明RGA在水稻基因组中成簇存在, 呈非随机分布. 采用隐马尔柯夫模型(HMM), 将这些RGA按其功能域分成了21类. 将粳稻的RGA与籼稻的基因组序列进行比较, 共找到702个两亚种间等位的RGA, 并发现其中有671个(占95.6%)RGA的基因组序列(包括编码区和非编码区)在两亚种间存在长度差异(InDel), 表明水稻RGA在两亚种间存在很高的多态性. 通过在InDel两侧设计引物并进行e-PCR验证, 共开发出402个基于PCR的、表现为共显性的候选RGA标记. 这些候选标记在两亚种间的长度差异在1～742 bp之间, 平均为10.26 bp. 有关数据均可从我们的网站(http://***/RGAs/***)上获得.

主 题 词：RGA 标记 基因鉴定 开发 隐马尔柯夫模型 全基因组序列 水稻基因组 非随机分布 index 亚种间 植物抗病 同源序列 非编码区 行搜索 序列对 类似物 R基因 功能域 多态性 PCR 共显性 粳稻 长度 行比 籼稻 

学科分类：09[农学] 0901[农学-植物生产类] 

核心收录：

D　O　I：10.1360/csb2005-50-11-1085

馆 藏 号：203347087...