柑桔BES-SSR标记开发及连锁图延伸和加密

作     者：马喜军 龚桂芝 彭祝春 韩学智 洪棋斌 MA Xi-jun;GONG Gui-zhi;PENG Zhu-chun;HAN Xue zhi;HONG Qi-bin

作者机构：西南大学园艺园林学院重庆400716 中国农业科学院柑桔研究所国家柑桔工程技术中心重庆400712 

基　　金：重庆市自然科学基金(2009BB1311) 西南大学基本科研业务费专项资金(XDJK2012C081) 国家科技计划课题(2011AA100205) 

出 版 物：《西北植物学报》 (Acta Botanica Boreali-Occidentalia Sinica)

年 卷 期：2012年第32卷第6期

页      码：1112-1117页

摘      要：为了系统性地开发和拓展柑桔SSR标记,通过对公布的柑桔BAC文库末端序列(BAC-End sequence,BES)进行SSR分析,选择1500个SSR位点设计合成并检测323对引物。结果表明:(1)从总长度为28.1 Mb的46 339条序列中共检测出22 403个SSR位点,约每2条序列就会出现一个SSR位点,发生频率为48%,相当于平均1.25kb的序列中就会出现1个SSR,频率约为柑桔EST的2倍,且不同核心重复序列的SSR发生特点与EST也不同。(2)所合成的323对引物中,有效扩增316对,扩增率约98%,173对表现多态性,总多态性比率约55%,多态性引物中单核苷酸重复类型15对,双核苷酸重复类型100对,三核苷酸及以上重复类型58对,表明柑桔BES中具有较为丰富的多态性SSR标记。(3)结合已发表的遗传作图数据,对总计349个多态性位点进行遗传连锁分析,获得的新遗传连锁图谱共含有9个连锁群、334个SSR标记、总长844.2cM、平均图距2.53cM,延长和加密了先前的图谱。该研究开发的新SSR标记为开展柑桔遗传鉴定分析和遗传图谱构建提供了新的标记来源,加密的遗传图谱为柑桔的基因定位、图位克隆和标记辅助育种等奠定了基础,SSR分析结果也为其他物种SSR标记的开发提供了参考。

主 题 词：柑桔 遗传图谱 分子标记 SSR 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 07[理学] 08[工学] 09[农学] 071007[071007] 0901[农学-植物生产类] 0836[0836] 090102[090102] 

核心收录：

D　O　I：10.3969/j.issn.1000-4025.2012.06.007

馆 藏 号：203349920...