一种分布式网格计算框架以及在大规模分子动力学模拟中的应用

作     者：王文睿 陈国良 邢利荣 陈华平 孙广中 单久龙 WANG Wen-rui;CHEN Guo-liang;XING Li-rong;CHEN Hua-ping;SUN Guang-zhong;SHAN Jiu-long

作者机构：中国科学技术大学国家高性能计算中心安徽合肥230027 上海电力学院数理系上海201300 

基　　金：国家高技术研究发展"八六三"计划基金项目(2002AA104560)资助 教育部归国留学人员基金资助 

出 版 物：《小型微型计算机系统》 (Journal of Chinese Computer Systems)

年 卷 期：2006年第27卷第7期

页      码：1326-1330页

摘      要：分子动力学(m o lecu lar dynam ics)模拟蛋白质等大分子内原子间的相互作用.蛋白质折叠所需的时间通常在微秒(10-6s)量级,而进行模拟的时间步长在飞秒(10-15s)量级,并且每步需要计算大量的相互作用(O(n2),n为原子数),以致于无法模拟足够长时间的折叠过程.现今在满足精确度的需求下没有更好的模拟算法.最近,生物学家研究了一种分布式的动力学方法,使得可以利用分布在In ternet上的计算机进行并行模拟成为可能.本文的目标是设计并实现在分布式P 2P和网格计算环境等多种异构计算资源下进行动力学模拟的可靠框架,以便更大限度地利用计算资源,加快计算过程.我们基于Java和W eb serv ice技术,已经实现了对应用透明的计算框架,并已将它扩展到我们的网格计算环境.实验表明分子动力学模拟程序在该框架下运行良好.

主 题 词：网格计算 分子动力学模拟 分布式计算 P2P 

学科分类：12[管理学] 1201[管理学-管理科学与工程类] 08[工学] 081201[081201] 0812[工学-测绘类] 

核心收录：

D　O　I：10.3969/j.issn.1000-1220.2006.07.040

馆 藏 号：203357839...