GPGPU加速生物序列比对研究进展

作     者：沈玉琳 金能智 孙一桐 者建武 马尧 SHEN Yu-lin;JIN Neng-zhi;SUN Yi-tong;ZHE Jian-wu;MA Yao

作者机构：甘肃省云计算重点实验室甘肃省计算中心甘肃兰州730030 

基　　金：甘肃省重点实验室建设计划(NO.1106RTSA021) 甘肃省2012年陇原青年创新人才扶持计划 

出 版 物：《生物信息学》 (Chinese Journal of Bioinformatics)

年 卷 期：2013年第11卷第2期

页      码：115-119页

摘      要：序列比对是生物信息学中最常用和最经典的研究手段。生物序列比对需要有强大计算能力的硬件支撑,而近年快速发展起来的GPGPU正好可堪此任。本文首先介绍GPGPU的发展过程,进而讲述GPGPU硬件设备与其编程环境,然后对GPGPU做科学计算时需要的数学库函数做一介绍,最后综述近年来国内外基于GPGPU的生物序列比对软件和相关研究工作,并总结和展望其辉煌前景。

主 题 词：GPGPU 序列比对 数学库函数 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 071010[071010] 081704[081704] 07[理学] 070304[070304] 08[工学] 0817[工学-轻工类] 0703[理学-化学类] 

D　O　I：10.3969/j.issn.1672-5565.2013.02.07

馆 藏 号：203365731...