机器学习方法在CRISPR/Cas9系统中的应用

作     者：张桂珊 杨勇 张灵敏 戴宪华 Guishan Zhang;Yong Yang;Lingmin Zhang;Xianhua Dai

作者机构：中山大学电子与信息工程学院广州510006 

基　　金：国家自然科学基釐项目-编号:61872396)资助~~ 

出 版 物：《遗传》 (Hereditas（Beijing))

年 卷 期：2018年第40卷第9期

页      码：704-723页

摘      要：基于CRISPR/Cas9系统介导的第三代基因组定点编辑技术,已被广泛应用于基因编辑和基因表达调控等研究领域。如何提高该技术对基因组编辑的效率与特异性、最大限度降低脱靶风险一直是该领域的难点。近年来,机器学习为解决CRISPR/Cas9系统所面临的问题提供了新思路,基于机器学习的CRISPR/Cas9系统已逐渐成为研究热点。本文阐述了CRISPR/Cas9的作用机理,总结了现阶段该技术面临的基因组编辑效率低、存在潜在的脱靶效应、前间区序列邻近基序(PAM)限制识别序列等问题,最后对机器学习应用于优化设计高效向导RNA(sg RNA)序列、预测sg RNA的活性、脱靶效应评估、基因敲除、高通量功能基因筛选等领域的研究现状与发展前景进行了展望,以期为基因组编辑领域的研究提供参考。

主 题 词：CRISPR/Cas9 机器学习 sgRNA 脱靶效应 基因敲除 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 07[理学] 08[工学] 09[农学] 071007[071007] 0901[农学-植物生产类] 0836[0836] 090102[090102] 

核心收录：

D　O　I：10.16288/j.yczz.18-135

馆 藏 号：203368813...