罗氏沼虾SSR标记再开发及其影响因素初探

作     者：戴习林 邓平平 施永海 何安元 蒋飞 丁福江 Dai Xilin;Deng Pingping;Shi Yonghai;He Anyuan;Jiang Fei;Ding Fujiang

作者机构：上海海洋大学水产与生命学院上海201306 上海市水产研究所上海200433 上海申漕特种水产开发公司上海201516 

基　　金：科技部科技人员服务企业行动项目(2009GJC00021) 上海市教育委员会重点学科建设项目(J50701) 上海科委重点攻关计划项目(11391901400) 

出 版 物：《生物技术通报》 (Biotechnology Bulletin)

年 卷 期：2012年第28卷第10期

页      码：142-149页

摘      要：在NCBI的Nucleotide数据库中检索到592条罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)基因组序列,其中含有SSR(simple sequence repeats)的序列占总数的16.39%,重复基元共有29种,以二核苷酸重复类型和三核苷酸重复类型为主,出现频率分别为14.02%和6.08%。整理G-SSRs序列并设计44对引物,以罗氏沼虾上海地方种群样本DNA为模板,对设计引物进行筛选,有32对引物的扩增产物条带比较清晰,占所设计引物总数的72.72%。用初步筛选得到的26对设计引物和已报道的37对SSR引物对罗氏沼虾江苏、广西以及上海地方种群进行引物的多态性筛选,分别得到9对和7对多态性引物。结果表明,种群的不同、序列的筛选和引物的设计直接影响到获得多态性引物的数量。

主 题 词：罗氏沼虾 基因组 微卫星 引物设计 筛选 

学科分类：0908[0908] 09[农学] 

D　O　I：10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2012.10.015

馆 藏 号：203372731...