五指山小型猪PPARγ2基因启动子多态性分析

作     者：潘金春 闵凡贵 王希龙 PAN Jinchun;MIN Fangui;WANG Xilong

作者机构：广东省实验动物监测所广州510663 广东省实验动物重点实验室广州510663 

基　　金：广东省科技计划项目(编号:2017B030314171 2017A070702001) 广州市科技计划项目(编号:201707010376) 

出 版 物：《中国比较医学杂志》 (Chinese Journal of Comparative Medicine)

年 卷 期：2018年第28卷第9期

页      码：21-26页

摘      要：目的对五指山小型猪PPARγ2基因启动子调控区域多态性进行分析。方法根据猪PPARγ2启动子调控区域2200 bp设计5对引物,对57头封闭群五指山小型猪的多态性进行检测,并用多种生物信息学软件对调控区域的启动子、转录因子结合位点、RNA二级结构、Cp G岛进行预测分析。结果筛选到9个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点,分别是:-1595T/C、-1534G/A、-1262C/A、-1220C/A、-1017A/G、-963A/G、-955G/A、-866A/G、-333G/A。SNPs都没有处在软件识别的启动子区域中,但-333G/A突变位于核心启动子(-656^-23 bp)区域。突变的SNP位点附近转录因子结合位点会发生改变,突变前后RNA二级结构最小自由能发生变化,其结构也发生显著变化。目标序列未找到Cp G岛。结论筛选到的五指山小型猪PPARγ2启动子调控区域SNPs可能对该基因的表达调控产生影响,为进一步研究其功能奠定基础。

主 题 词：五指山小型猪 PPARγ2 启动子 单核苷酸多态性 生物信息学 

学科分类：10[医学] 

D　O　I：10.3969/j.issn.1671-7856.2018.09.004

馆 藏 号：203374382...