利用生物信息学数据库筛选药物药动学、药效学相关基因及其多态性位点

作     者：张远 何霞 串俊兰 钟磊 喻冬柯 熊萱 ZHANG Yuan;HE Xia;CHUAN Jun-lan;ZHONG Lei;YU Dong-ke;XIONGXuan

作者机构：四川省医学科学院.四川省人民医院药学部个体化药物治疗四川省重点实验室四川610072 

基　　金：国家临床药学重点专科建设项目(No.30305030698) 

出 版 物：《实用药物与临床》 (Practical Pharmacy and Clinical Remedies)

年 卷 期：2018年第21卷第9期

页      码：1073-1077页

摘      要：目的以抗抑郁药物西酞普兰为例,通过生物信息学数据库搜索和分析可能导致(艾司)西酞普兰个体化差异的基因及多态性位点,为药物基因组学研究的基因和位点选取模式提供参考。方法选取3个常用免费生物信息学数据库GeneCards、UniProtKB和PharmGKB,以"西酞普兰OR艾司西酞普兰"用于基因的筛选。利用将筛选到的基因名称输入ClinVar数据库,筛选基因的多态性位点。以"西酞普兰OR艾司西酞普兰AND基因多态性"的搜索方式搜索PubMed和CBM文献数据并统计和比较搜索到的基因名称及出现频率。结果从GeneCards、UniProtKB和PharmGKB生物信息学数据库中选取了共有的4个基因,在ClinVar中搜索到了这4个基因与临床药物应答相关的共19个多态性位点。而从PubMed上搜索到的文献中出现频率最高的前4个基因与GeneCards、UniProtKB和PharmGKB生物信息学数据库中搜索到的共有基因有较高的一致性。结论利用GeneCards、UniProtKB、PharmGKB搜索基因+ClinVar搜索多态性位点的模式,能更快速准确地找到临床相关性更大的基因和多态性位点,相比搜索文献数据库的方式,能节约更多时间和精力,对研究设计阶段和统计阶段的数据降维处理也有一定的帮助。

主 题 词：生物信息学数据库 药物基因组学 基因多态性 

学科分类：1007[医学-药学类] 1006[医学-中西医结合类] 100706[100706] 100602[100602] 10[医学] 

D　O　I：10.14053/j.cnki.ppcr.201809025

馆 藏 号：203376967...