杜仲基因组微卫星特征及SSR标记开发

作     者：吴敏 杜红岩 乌云塔娜 刘攀峰 荆腾 WU Min;DU Hong-yan;WUYUN Tana;LIU Pan-feng;JING Teng

作者机构：中国林业科学研究院经济林研究开发中心河南郑州450003 国家林业局杜仲工程技术研究中心河南郑州450003 国家林业局泡桐研究开发中心河南郑州450003 

基　　金：国家林业公益性行业科研专项:杜仲育种群体建立与综合利用技术研究(201004029) 

出 版 物：《林业科学研究》 (Forest Research)

年 卷 期：2015年第28卷第3期

页      码：387-393页

摘      要：为全面解读杜仲的遗传背景,本研究在基因组测序(数据未公布)的基础上,通过MISA软件搜索杜仲基因组(26 947/854 758 160 bp)中的完整型(1 7核苷酸重复)及复合型SSR序列,共查找出25 694个Scaffolds含有488592个SSR位点,占总Scaffolds的95.3%。从SSR位点分布密度上讲,平均每1 749 bp出现1个微卫星,其中单核苷酸重复单元的SSR含量最多,约占总数的54.34%,其次为二核苷酸(20.47%),而复合模式、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸、六核苷酸和七核苷酸重复分别占20.29%、23.89%、0.77%、0.13%、0.10%和0.01%,并发现SSR中均以含A、T的重复类型占主导地位。根据SSR位点设计并合成引物290对,162对SSR引物扩增出清晰的目的条带,其中16对引物多态性高、稳定性好,在8份杜仲资源中共检测到84个等位基因,平均每个SSR位点检测到5.25个等位基因。本研究对于进一步利用SSR分子标记分析杜仲遗传多样性、遗传图谱构建、杜仲雌雄株早期鉴定等具有较高的应用价值。

主 题 词：杜仲 基因组 标记开发 多态性 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 0830[工学-生物工程类] 090701[090701] 0907[农学-草药学] 07[理学] 0829[工学-安全科学与工程类] 09[农学] 071007[071007] 0901[农学-植物生产类] 0902[农学-自然保护与环境生态类] 0713[0713] 

核心收录：

D　O　I：10.13275/j.cnki.lykxyj.2015.03.014

馆 藏 号：203382115...