云锦杜鹃转录组SSR分析及其分子标记开发

作     者：杨彬 许蔷薇 牛明月 楼雄珍 黄华宏 童再康 林二培 YANG Bin;XU Qiangwei;NIU Mingyue;LOU Xiongzhen;HUANG Huahong;TONG Zaikang;LIN Erpei

作者机构：浙江农林大学省部共建亚热带森林培育国家重点实验室浙江临安311300 浙江省天台县华顶林场浙江天台317200 

基　　金：浙江省农业新品种选育重大科技专项(2016C02052-12) 

出 版 物：《核农学报》 (Journal of Nuclear Agricultural Sciences)

年 卷 期：2018年第32卷第12期

页      码：2335-2345页

摘      要：为开发云锦杜鹃SSR分子标记,并研究云锦杜鹃SSR引物在杜鹃属内的通用性,本研究利用Misa软件对云锦杜鹃转录组数据进行SSR信息分析,并开发引物通过PCR扩增和毛细管电泳检测,进行了引物多态性和通用性分析。结果表明,利用云锦杜鹃转录组数据拼接组装得到84 633条Unigene,通过Misa软件发现21 900个SSR位点,发生频率为20.58%,平均分布距离为2.67 kb,单、二、三个核苷酸重复为主要的SSR位点类型;根据云锦杜鹃SSR序列设计获得SSR引物8 439对,随机选取45对SSR引物进行多态性分析,结果显示32对SSR位点具有多态性,多态性位点的等位基因介于2～8个,平均等位基因数5.25个;有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、香农多样性指数和多态信息含量的平均值分别为3.175 5、0.700 6、0.640 4、1.326 4和0.701 7。进一步分析表明,其中25对SSR引物可在其他31种不同杜鹃属植物(或品种)中扩增出多态性条带,可转移率为78.125%,表明云锦杜鹃SSR引物在杜鹃属植物间具有较高的通用性。本研究结果为云锦杜鹃遗传多样性分析、分子标记辅助育种以及杜鹃属植物亲缘关系等研究奠定了一定的理论基础。

主 题 词：云锦杜鹃 转录组 SSR 多态性 

学科分类：090706[090706] 0907[农学-草药学] 09[农学] 

核心收录：

D　O　I：10.11869/j.issn.100-8551.2018.12.2335

馆 藏 号：203390587...