钢鹅mtDNA全序列的克隆和生物信息学分析

作     者：吴启超 谢艾轩 刘贺贺 李亮 宋浪 许恒勇 白丽丽 WU Qichao;XIE Aixuan;LIU Hehe;LI Liang;SONG Lang;XU Hengyong;BAI Lili

作者机构：四川农业大学动物科技学院四川成都611130 西昌华农禽业有限公司四川西昌615000 

基　　金：四川省科技支撑计划项目(2016NZ0055) 四川省"十三五"农作物及畜禽育种攻关项目(2016NYZ0044) 四川省教育厅重点项目(15ZA0025) 

出 版 物：《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 (Journal of Northwest A&F University(Natural Science Edition))

年 卷 期：2018年第46卷第11期

页      码：1-10页

摘      要：【目的】探究钢鹅的遗传多样性和系统进化的关系。【方法】参照NCBI上近缘物种线粒体基因组序列设计18对引物,运用DNA克隆和测序技术获得钢鹅mtDNA基因组序列,对其进行生物信息学分析。【结果】钢鹅mtDNA基因组序列总长16 739bp,其中含有22个tRNA基因、2个rRNA基因、13个蛋白质编码基因和1个非编码控制区域(D-loop区),基因组成及排列顺序与其他鸟类类似,A、T、C和G碱基含量分别为30.18%,22.54%,32.18%和15.10%。tRNAScan-SE Search Server在线软件分析表明,tRNA均是4个恒定臂的三叶草二级结构。对钢鹅mtDNA D-loop区序列的分析发现,其中含有LSP/HSP、ETAS1-2、Goose hairpin、E-box、F-box、D-box、C-box、CSB1-box及CSB-like保守框。用MEGA 6.0采用最大似然法基于D-loop区和线粒体全序列构建进化树,遗传进化分析表明,钢鹅与鸿雁、灰雁的亲缘关系最近。【结论】获得了钢鹅mtDNA全序列,进一步明确了其生物学信息。

主 题 词：钢鹅 mtDNA 遗传进化 生物信息学分析 

学科分类：0905[农学-林学类] 09[农学] 090501[090501] 

核心收录：

D　O　I：10.13207/j.cnki.jnwafu.2018.11.001

馆 藏 号：203395322...