黄萎病不同抗性陆地棉品种抗病基因同源序列生物信息学分析

作     者：简桂良 赵磊 张文蔚 齐放军 王升正 JIAN Gui-liang;ZHAO Lei;ZHANG Wen-wei;QI Fang-jun;WANG Sheng-zheng

作者机构：中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室北京100193 

基　　金：国家转基因生物新品种培育科技重大专项(2008ZX005-004) 国家公益性农业科研专项(3-19) 

出 版 物：《棉花学报》 (Cotton Science)

年 卷 期：2011年第23卷第6期

页      码：490-499页

摘      要：根据已知抗病基因NBS(Nucleotide-binding sites)保守区的P-loop和GLPL区设计一对简并引物F1/R1,以已鉴定黄萎病抗性的9个陆地棉品种基因组DNA为模板进行PCR扩增。在9个品种中均扩增出500 bp左右的条带。对目的条带进行回收,连接、转化克隆得到350个阳性克隆,进行测序。在8个棉花品种中克隆到74条具有完整开放读码框的棉花RGAs序列。这74条序列共有64种不同的基因型,有10条与其它品种中的RGAs序列相同。用MEGA软件对8个棉花品种的74条RGA序列以及12个已知的抗病基因的NBS区域进行聚类分析,结果分为TIR和nonTIR两大类,而nonTIR类又细分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ3类。4类RGAs之间的氨基酸序列相似性较低,而各大类之内来自不同品种的RGAs的相似度却非常高。推测各大类中相似性非常高的这部分序列分别属于同一个基因家族,从位点上说可能处于同一个基因簇。

主 题 词：棉花 抗病基因同源序列(RGA) 核苷酸结合位点(NBS) 生物信息学分析 多态性 

学科分类：09[农学] 0901[农学-植物生产类] 

核心收录：

D　O　I：10.3969/j.issn.1002-7807.2011.06.002

馆 藏 号：203403051...