基于全基因组芯片开发水稻HRM特异分子标记

作     者：金名捺 潘英华 丘式浚 严维 邓汉超 陈慧 梁云涛 JIN Ming-na;PAN Ying-hua;QIU Shi-jun;YAN Wei;DENG Han-chao;CHEN Hui;LIANG Yun-tao

作者机构：深圳市作物分子设计育种研究院/深圳市分子设计育种重点实验室深圳广东518107 广西壮族自治区农业科学院水稻研究所/广西水稻遗传育种重点实验室南宁530007 

基　　金：国家科技资源共享服务平台项目(NICGR2017-39) 广西壮族自治区主席科技资金项目(1517-03) 广西农业科学院基本科研业务专项项目(2015YT14) 

出 版 物：《植物遗传资源学报》 (Journal of Plant Genetic Resources)

年 卷 期：2018年第19卷第6期

页      码：1055-1063页

摘      要：植物中广泛分布着单核苷酸多态性(SNP)位点。在此基础上发展而来的SNP标记因其具有高分辨率和共显性等优点,已成为当前作物遗传研究重要的分子工具。本研究拟建立基于高分辨率熔解曲线(HRM)技术的SNP分子标记,从而实现对栽培稻和野生稻的高效基因分型,为今后水稻的基因挖掘、品种鉴定以及分子育种等提供可靠、快捷的技术工具。利用水稻全基因组9 K SNP芯片对栽培稻品种黄华占和野生稻Y605进行扫描,寻找两者之间的SNP位点,并将其开发成基于HRM技术的特异分子标记。然后,利用这些分子标记对亲本黄华占、野生稻Y605以及两者的BC3回交群体进行分子检测,以验证其有效性。水稻9 K基因芯片在黄华占与野生稻Y605之间总共找到了4198个SNP位点,它们在12条染色体上较均匀分布。在水稻第1号染色体上随机挑选出5个SNP位点开发成基于HRM技术的特异分子标记。利用这些标记对黄华占与野生稻Y605的BC3F1和BC3F2群体进行检测分析,发现它们都能准确区分亲本的纯合与杂合基因型。并且,在回交后代的第1号染色体ZY1-1~ZY1-4标记区间检测到野生稻片段插入。水稻全基因组9 K SNP芯片可以很好地应用于水稻SNP标记的开发。开发的SNP特异标记能准确、高效地对栽培稻和野生稻进行基因分型。进一步完成基于HRM技术的水稻全基因组SNP标记的开发,可为今后野生稻的分子遗传研究、有利基因挖掘和育种应用提供高效的分子检测手段。

主 题 词：HRM技术 水稻基因组SNP芯片 分子标记 野生稻 有利基因挖掘 

学科分类：09[农学] 0901[农学-植物生产类] 

核心收录：

D　O　I：10.13430/j.cnki.jpgr.20180429001

馆 藏 号：203407341...