NaCl浓度和茎环内的碱基结构对shRNA退火影响的研究

作     者：张祥 张震宇 唐佩福 孔祥丽 黄鹏 金萌萌 于爱平 ZHANG Xiang;ZHANG Zhen-yu;TANG Pei-fu;KONG Xiang-li;HUANG Peng;JIN Meng-meng;YU Ai-ping

作者机构：哈尔滨医科大学附属第一医院骨外一科黑龙江哈尔滨150001 解放军总医院骨科北京100853 军事医学科学院二所北京100850 

基　　金：国家自然科学基金(30672135) 

出 版 物：《生物医学工程与临床》 (Biomedical Engineering and Clinical Medicine)

年 卷 期：2010年第14卷第2期

页      码：157-160页

摘      要：目的优化DNA寡核苷酸单链退火条件,提高单链DNA寡核苷酸退火效率,加速shRNA表达载体构建速度。方法将茎环内部碱基结构不同DNA寡核苷酸链在不同浓度(50、100、150、200mmol/L)NaCl退火缓冲液中进行退火,通过琼脂糖凝胶电泳观察DNA寡核苷酸链在退火前后电泳速度的变化,利用Gene Tools分析软件对电泳图像进行分析比较退火效率。结果当退火缓冲液中NaCl浓度为200mmol/L时,DNA寡核苷酸单链退火效率明显提高,茎环内部碱基互补的DNA寡核苷酸单链退火效率46.00%±3.33%,茎环内部碱基不互补DNA寡核苷酸单链退火效率97.00%±1.49%。结论NaCl浓度和茎环内的碱基设计是影响shRNA退火主要因素,优化shRNA的退火条件,提高退火效率,可以加速载体构建。目的优化DNA寡核苷酸单链退火条件,提高单链DNA寡核苷酸退火效率,加速shRNA表达载体构建速度。方法将茎环内部碱基结构不同DNA寡核苷酸链在不同浓度(50、100、150、200mmol/L)NaCl退火缓冲液中进行退火,通过琼脂糖凝胶电泳观察DNA寡核苷酸链在退火前后电泳速度的变化,利用GeneTools分析软件对电泳图像进行分析比较退火效率。结果当退火缓冲液中NaCl浓度为200mmol/L时,DNA寡核苷酸单链退火效率明显提高,茎环内部碱基互补的DNA寡核苷酸单链退火效率46.00%±3.33%,茎环内部碱基不互补DNA寡核苷酸单链退火效率97.00%±1.49%。结论NaCl浓度和茎环内的碱基设计是影响shRNA退火主要因素,优化shRNA的退火条件,提高退火效率,可以加速载体构建。

主 题 词：RNA干扰 短发夹RNA 退火方法 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 07[理学] 08[工学] 09[农学] 071007[071007] 0901[农学-植物生产类] 0836[0836] 090102[090102] 

D　O　I：10.3969/j.issn.1009-7090.2010.02.019

馆 藏 号：203410465...