猪Claudin家族基因密码子使用偏好性分析

作     者：宗秋芳 黄焱杰 吴丽思 吴圣龙 包文斌 ZONG Qiufang;HUANG Yanjie;WU Lisi;WU Shenglong;BAO Wenbin

作者机构：扬州大学江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室江苏扬州225009 扬州大学教育部农业与农产品安全国际合作联合实验室江苏扬州225009 

基　　金：国家自然科学基金(31572360 31372285) 江苏省农业三新工程(SXGC302) 江苏高校优势学科建设工程(PAPD) 

出 版 物：《浙江农业学报》 (Acta Agriculturae Zhejiangensis)

年 卷 期：2018年第30卷第12期

页      码：2007-2017页

摘      要：猪流行性腹泻病毒(PEDV)可通过感染猪肠道上皮细胞引起仔猪腹泻。紧密连接蛋白是肠道黏膜屏障的重要组成部分,而Claudin家族作为重要的紧密连接蛋白之一,是组成肠道黏膜屏障完整性、决定肠道通透性的重要蛋白分子。研究密码子的使用特性有助于进一步了解某一特定基因的分子机制和进化关系。为了揭示Claudin家族基因密码子使用模式,本研究对Claudin家族22个基因编码序列进行分析,利用CodonW和在线网站EMBOSS Explore计算核苷酸组成、相对同义密码子使用度(RSCU)和密码子使用偏性参数,同时分析了Claudin家族基因密码子使用偏好性的影响因素。结果表明:Claudin家族基因主要偏好以G/C结尾的密码子; RSCU值分析发现,11个密码子CUG、AUC、GUG、UCC、CCC、ACC、GCC、CAG、CGC、CGG、GGC偏好性较强,为优势密码子;聚类结果显示,Claudin-3和Claudin-4较为接近,Claudin-10和Claudin-11较为接近;此外,Claudin家族基因密码子偏好性主要受到突变压力影响。分析Claudin家族基因密码子使用模式,旨在揭示这些基因之间的遗传和进化关系,为今后从密码子优化途径提高外源基因的表达水平提供一定的理论依据。

主 题 词：Claudin家族 密码子偏好性 猪 紧密连接蛋白 

学科分类：0905[农学-林学类] 09[农学] 

核心收录：

D　O　I：10.3969/j.issn.1004-1524.2018.12.04

馆 藏 号：203424033...