猪细小病毒非结构蛋白NS1基因的克隆、序列分析及蛋白质结构预测

作     者：刘建 汤德元 罗险峰 曾智勇 李春燕 甘振磊 王凤 郝飞 王洪光 

作者机构：贵州大学动物科学学院贵州贵阳550025 贵州省动物疫病预防控制中心贵州贵阳550008 

基　　金：贵州大学研究生创新基金项目(研农2013020) 贵州省2011年农业攻关项目资助(黔科合NY字(2011)3103号) 贵州省2010年农业科技攻关项目(黔科合NY字(2010)3042号) 

出 版 物：《中国畜牧兽医》 (China Animal Husbandry & Veterinary Medicine)

年 卷 期：2013年第40卷第5期

页      码：8-13页

摘      要：根据GenBank登录的猪细小病毒NADL-2株和China株序列,利用Oligo 6.0软件设计1对扩增NS1全基因的特异性引物,对从贵州省安顺地区检测到的PPV的NS1基因进行扩增、克隆、测序、序列分析和蛋白质结构预测分析。测序结果表明,扩增的目的基因长度为1986bp,共编码659个氨基酸,其中NS1基因的1287、1288和1298位碱基发生了缺失,导致429、430和433位氨基酸发生缺失。系统发生树结果表明,本试验测序的NS1基因与NADL-2弱毒株处在同一进化分支;氨基酸同源性与NADL-2弱毒株和Kresse毒株最高,均为98.6%。蛋白质结构预测分析结果表明,非结构蛋白NS1的分子质量为75269.76u,理论等电点pI为7.25,不稳定系数为41.57,推测其为不稳定蛋白质;脂肪指数为73.58,总体平均亲水性为-0.565,推测该蛋白质是一种亲水性蛋白质;该蛋白质含有丰富的α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲,柔性区域较多,呈连续分布;非结构蛋白NS1无跨膜区和信号肽;预测非结构蛋白NS1含有3个N-糖基化位点、3个cAMP和cGMP依赖性蛋白激酶磷酸化位点、5个蛋白激酶C磷酸化位点、22个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、1个酪氨酸激酶磷酸化位点、8个N-肉豆蔻酰化位点、1个酰胺化位点及1个ATP/GTP结合位点基序A(P-环);该蛋白质抗原表位较多,存在10个主要的抗原表位。

主 题 词：猪细小病毒 NS1基因 克隆 序列分析 蛋白质结构预测 

学科分类：090601[090601] 09[农学] 0906[农学-水产类] 

D　O　I：10.3969/j.issn.1671-7236.2013.05.002

馆 藏 号：203427355...