甘蔗黑穗病菌SCoT-PCR反应体系优化与引物筛选

作     者：徐刚红 姜子德 沈万宽 罗明珠 饶得花 XU Gang-hong;JIANG Zi-de;SHEN Wan-kuan;LUO Ming-zhu;RAO De-hua

作者机构：华南农业大学农学院/农业部华南地区作物栽培科学观测实验站广州510642 华南农业大学农学院/广东省微生物信号与病害防控重点实验室广州510642 

基　　金：广东省公益研究与能力创新专项(2014A020208094) 华南农业大学人才引进启动资金项目(13009) 

出 版 物：《华中农业大学学报》 (Journal of Huazhong Agricultural University)

年 卷 期：2015年第34卷第6期

页      码：33-39页

摘      要：以甘蔗黑穗病菌(Sporisorium scitamineum)交配型菌株基因组DNA为模板,在单因素优化试验的基础上,采用L16(45)正交试验设计,对影响甘蔗黑穗病菌SCoT-PCR反应体系的Mg2+、dNTPs、引物、r Taq DNA聚合酶和模板用量5个因素进行优化,建立优化的甘蔗黑穗病菌SCoT-PCR反应体系:DNA模板12.50ng、dNTPs 0.17mmol/L、引物0.46μmol/L、Mg2+1.7 mmol/L、r Taq DNA聚合酶0.85U、1×Buffer(Mg2+free),总体积25μL。应用优化体系从30条SCoT引物中筛选扩增条带清晰且多态性丰富的10条引物,并利用这10条引物对10份地理来源和寄主来源不同的甘蔗黑穗病菌交配型菌株基因组DNA进行SCoT标记,结果共扩增出86条带,多态性比率为58.67%,平均每条引物扩增8.60条。UPGMA聚类分析结果表明:在遗传相似系数为0.75的水平上,可将10个菌株分为3类,聚类结果与菌株的地理来源有一定的相关性。

主 题 词：甘蔗黑穗病菌 SCoT标记 体系优化 UPGMA聚类分析 

学科分类：09[农学] 0904[农学-动物医学类] 090401[090401] 090402[090402] 

核心收录：

D　O　I：10.13300/j.cnki.hnlkxb.2015.06.049

馆 藏 号：203443934...