刺参(Apostichopus japonicus)重要经济性状相关SNP标记的验证分析

作     者：刘安然 廖梅杰 李彬 王印庚 荣小军 张正 范瑞用 陈贵平 LIU Anran;LIAO Meijie;LI Bin;WANG Yingeng;RONG Xiaojun;ZHANG Zheng;FAN Ruiyong;CHEN Guiping

作者机构：上海海洋大学上海201306 农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛266071 青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室青岛266071 青岛瑞滋海珍品发展有限公司青岛266400 

基　　金：中国水产科学研究院黄海水产研究所基本科研业务费(20603022016008) 山东省农业良种工程重大课题(2017LZGC010)共同资助~~ 

出 版 物：《渔业科学进展》 (Progress in Fishery Sciences)

年 卷 期：2019年第40卷第1期

页      码：101-109页

摘      要：本研究在前期构建的刺参(Apostichopus japonicus)高密度遗传连锁图谱和QTL分析的基础上,筛选出26个与体长、体重、体宽、棘刺总数、抗病力相关的SNP位点,设计出可用于HRM检测的SNP扩增引物13对。在扩大群体中利用HRM小片段法对这13个刺参重要经济性状相关的候选SNP位点进行分型和多态性检测,并结合扩大群体的相关性状数据进行了QTL位点验证。多态性结果显示,13个位点中有3个单态性位点,其余10个多态性位点中有3个位点为低等位多态性,7个位点为中等位多态性。10个多态性位点的最小等位基因频率(MAF)介于0.016(SNP113)～0.332(SNP160)之间,平均值为0.173;各位点的观测杂合度(Ho)介于0.031(SNP113)～0.818(SNP9)之间,平均值为0.433;期望杂合度(H_o)介于0.031(SNP113)～0.834(SNP9)之间,平均值为0.402;多态信息含量(PIC)介于0.030(SNP113)～0.393(SNP160)之间,平均为0.248,有6个位点偏离HardyWeinberg平衡。QTL验证结果表明,SNP40和SNP160位点为与生长(体长、体重、体宽)相关的位点,各位点的优势基因型分别为SNP40(CC)和SNP160(AA);SNP88、SNP112和SNP126这3个位点为与抗病力相关的位点,各位点的优势基因型为SNP88(CC)、SNP112(AA)和SNP126(TT)。基于这5个位点构建生长和抗病二倍型,发现二倍型K_1(CC AA TT)抗病力最强,S_1(CC AA)、S_3(CC AC)在生长方面优势显著,相关研究结果可为分子标记辅助育种在生产中应用提供基础数据。

主 题 词：刺参 QTL位点 SNP 高分辨率熔解曲线 验证 

学科分类：090801[090801] 0908[0908] 09[农学] 

核心收录：

D　O　I：10.19663/j.issn2095-9869.20171217002

馆 藏 号：203454366...