基于转录组数据的大菱鲆(Scophthalmus maximus)SNP标记开发及多态性分析

作     者：王婷 黄智慧 马爱军 马得友 王新安 夏丹丹 马本贺 WANG Ting;HUANG Zhi-Hui;MA Ai-Jun;MA De-You;WANG Xin-An;XIA Dan-Dan;MA Ben-He

作者机构：中国水产科学研究院黄海水产研究所 青岛市海水鱼类种子工程与生物技术重点实验室 农业部海洋渔业可持续发展重点实验室青岛266071 大连海洋大学大连116023 

基　　金：国家高技术研究发展计划(863)项目资助 2012AA10A408-8号 现代农业产业技术体系建设专项资金资助 CARS-50-01号 

出 版 物：《海洋与湖沼》 (Oceanologia Et Limnologia Sinica)

年 卷 期：2014年第45卷第6期

页      码：1300-1307页

摘      要：大菱鲆(Scophthalmus maximus)是最具商业价值和养殖前途的海水鱼类之一,雌雄间生长有一定的差异。其高通量雌雄转录组测序的完成为大规模鉴定和开发SNP标记提供了参考序列。本研究基于大菱鲆雌雄转录组测序数据,选择其中45个SNP位点,设计引物63组,其中21个位点(46.7%)应用小片段高分辨率熔解曲线(HRM)技术分型成功。对其进行多态性检测,21个位点均具有二个单倍型。观测杂合度Ho的分布范围为0.256—1.000,期望杂合度He的范围为0.276—0.518,19个位点符合Hardy-Weinberg平衡。14个SNP位点位于基因编码区,其中3个属于非同义突变。含有这些SNP位点的基因大多与信号转导和转录翻译相关。本研究结果表明,高通量转录组测序和小片段HRM适合大规模SNP标记开发,为大菱鲆的分子遗传育种提供了候选标记资源。

主 题 词：大菱鲆 单核苷酸多态性(SNP) 转录组 高分辨率溶解曲线(HRM) 

学科分类：0908[0908] 09[农学] 

核心收录：

D　O　I：10.11693/hyhz20140400101

馆 藏 号：203464106...