HCV NS3/4A蛋白酶与Faldaprevir类似物的分子识别机制及其复合物运动模式

作     者：梁立 胡建平 杜文义 左柯 刘嵬 苟小军 Li Liang;Jianping Hu;Wenyi Du;Ke Zuo;Wei Liu;Xiaojun Gou

作者机构：成都大学四川抗菌素工业研究所药食同源植物资源开发四川省高校重点实验室四川成都610106 乐山师范学院化学学院四川乐山614004 

基　　金：国家自然科学基金(Nos.11247018 11147175) 四川省教育厅科研重点项目(No.12ZA066) 乐山市科技计划项目(No.14SZD018)资助~~ 

出 版 物：《生物工程学报》 (Chinese Journal of Biotechnology)

年 卷 期：2016年第32卷第5期

页      码：669-682页

摘      要：Faldaprevir类似物(Faldaprevir analogue molecule,FAM)能有效抑制HCV NS3/4A蛋白酶的催化活性,是一种潜在抗HCV先导化合物。通过生物信息学统计分析了已报道的HCV NS3/4A蛋白酶晶体结构,得到了FAM-HCV NS3/4A蛋白酶晶体结构。对FAM-HCV NS3/4A蛋白酶复合物进行了20.4 ns的分子动力学模拟,重点从氢键和结合自由能两个角度分析了二者分子识别中的关键残基及结合驱动力。氢键和范德华力是促使FAM特异性结合到蛋白V132?S139、F154?D168、D79?D81和V55的活性口袋中的主要驱动力,这与实验数据较为吻合。耐药性突变实验分析了R155K、D168E/V和V170T定点突变对FAM分子识别的影响,为可能存在的FAM耐药性提供了分子依据。最后,用自由能曲面和构象聚类两个方法探讨了体系的构象变化,给出体系的4种优势构象,为后续的基于HCV NS3/4A蛋白酶结构的Faldaprevir类似物抑制剂分子设计提供一定的理论帮助。

主 题 词：HCV NS3/4A蛋白酶 Faldaprevir类似物分子 分子动力学模拟 结合自由能 构象变化 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 0831[工学-公安技术类] 1007[医学-药学类] 100705[100705] 1001[医学-基础医学] 100103[100103] 0836[0836] 10[医学] 

核心收录：

D　O　I：10.13345/j.cjb.150382

馆 藏 号：203474899...