大豆二核苷酸SSR侧翼序列保守性分析

作     者：詹少华 盛新颖 樊洪泓 蔡永萍 林毅 ZHAN Shao-hua;SHENG Xin-ying;FAN Hong-hong;CAI Yong-ping;LIN Yi

作者机构：皖西学院化学与生命科学系安徽六安237012 安徽农业大学生命科学学院安徽合肥230036 

基　　金：安徽高校省级自然科学研究重点资助项目(KJ2008A089) 

出 版 物：《大豆科学》 (Soybean Science)

年 卷 期：2010年第29卷第2期

页      码：195-198页

摘      要：从NCBI下载了大豆的EST和GSS序列,以SSR两侧序列各100 nt的片段作为分析材料,统计SSR数目、计算侧翼序列碱基组成,对SSR侧翼序列进行了序列比对和数据库blast搜索。结果表明:大豆SSR分布频率为1/6.67kb,侧翼序列GC含量为37.83%,二核苷重复是SSR的主要类型(65.7%),同一种重复基元的SSR存在多类型侧翼序列,同一类型的侧翼序列高度保守,不同类型的侧翼序列之间相似性较小,尤其是非SSR区域可以存在与SSR侧翼序列相同的序列。由上述结果推断SSR引物可能扩增出不含SSR的产物,易位可以产生形成新类型SSR。这一分析结果有助于提高SSR引物设计效率和进一步阐明SSR的形成机理。

主 题 词：SSR引物 序列保守性 二核苷酸 大豆 侧翼序列 blast 多类型 NCBI 

学科分类：09[农学] 0901[农学-植物生产类] 

核心收录：

馆 藏 号：203487413...