ProFaM:一个蛋白质序列家族挖掘算法

作     者：熊赟 陈越 朱扬勇 Xiong Yun;Chen Yue;Zhu Yangyong

作者机构：复旦大学计算机与信息技术系上海200433 

基　　金：国家"八六三"高技术研究发展计划基金项目(2006AA02Z329) 国家自然科学基金项目(60573093) 

出 版 物：《计算机研究与发展》 (Journal of Computer Research and Development)

年 卷 期：2007年第44卷第7期

页      码：1160-1168页

摘      要：有效分析蛋白质家族是生物信息学的一项重要挑战,聚类成为解决这一问题的主要途径之一.基于传统序列比对方法定义蛋白质序列间相似关系时,假设了同源片断间的邻接保守性,与遗传重组相冲突.为更好地识别蛋白质家族,提出了一种蛋白质序列家族挖掘算法***首先采用前缀投影策略挖掘表征蛋白质序列的模式,然后基于模式及其权重信息构造相似度度量函数,并采用共享最近邻方法,实现了蛋白质序列家族聚类.解决了以往方法在蛋白质模式挖掘及相似度设计中的不足.在蛋白质家族数据库Pfam上的实验结果证实了ProFaM算法在蛋白质家族分析上有良好的结果.

主 题 词：蛋白质序列 蛋白质家族 序列模式 聚类 数据挖掘 生物信息学 

学科分类：0810[工学-土木类] 0808[工学-自动化类] 0839[0839] 081203[081203] 08[工学] 0835[0835] 0811[工学-水利类] 0812[工学-测绘类] 

核心收录：

D　O　I：10.1360/crad20070710

馆 藏 号：203578670...