幽门螺杆菌oipA基因的克隆及其生物信息学分析

作     者：陈阳 李健峰 姬秋彦 闫玲梅 龙海亭 徐维明 Yang Chen;Jian-Feng Li;Qiu-Yan Ji;Ling-Mei Yan;Hai-Ting Long;Wei-Ming Xu

作者机构：中国医学科学院中国协和医科大学医学生物学研究所云南省昆明市650118 

出 版 物：《世界华人消化杂志》 (World Chinese Journal of Digestology)

年 卷 期：2005年第13卷第7期

页      码：867-870页

摘      要：目的:克隆幽门螺杆菌(Helicobacterprlori,Hpylori)前炎症外膜蛋白基因oipA,并对其进行生物信息学分析.方法:利用GenBank已公布序列设计引物,用PCK进行扩增后,酶切,连入载体pGEX-5X-1,并进行序列测定.用数据库Blast,NCBICDD,Swiss—model,Propred以及生物学软件Omigav2.0和Antheprotv5.0分析其生物学特性.结果:克隆片段与GenBank公布序列完全一致.经Blast比对未发现与oipA同源的其他种属基因,通过NCBICDD未找到已知保守区域和oipA编码氨基酸序列相关.应用Omigav2.0,Antheprotv5.0软件预测显示该蛋白具有良好的疏水性和抗原性,将该分析结果和Propred结果比对得到预测的抗原表位.结论:应用生物信息学技术,对幽门螺杆菌基因oipA进行分析,将为Hpylori与相关致病发生机制研究,Hpy-lori疫苗的开发等工作奠定一定基础.

主 题 词：生物信息学分析 幽门螺杆菌 克隆 Hpylori A基因 生物信息学技术 oipA 外膜蛋白基因 NCBI 生物学特性 设计引物 序列测定 序列相关 抗原表位 分析结果 机制研究 CDD PCR 数据库 未发现 氨基酸 抗原性 疏水性 软件 预测 

学科分类：1007[医学-药学类] 100705[100705] 1001[医学-基础医学] 100103[100103] 10[医学] 

D　O　I：10.3969/j.issn.1009-3079.2005.07.012

馆 藏 号：203608720...