胡椒EST－SSR标记的开发和应用

作     者：伍宝朵 郝朝运 范睿 杨建峰 邬华松 WU Baoduo;HAO Chaoyun;FAN Rui;YANG Jianfeng;WU Huasong

作者机构：中国热带农业科学院香料饮料研究所农业部香辛饮料作物遗传资源利用重点实验室海南省热带香辛饮料作物遗传改良与品质调控重点实验室海南万宁571533 

基　　金：国家自然科学基金“胡椒种质资源遗传多样性与分子身份证研究”(No.31201263) 海南省自然科学基金“我国主要胡椒种质资源的DNA指纹图谱研究” 

出 版 物：《热带作物学报》 (Chinese Journal of Tropical Crops)

年 卷 期：2015年第36卷第2期

页      码：237-243页

摘      要：通过分析NCBI数据库中胡椒转录组数据,共得到unigene 23 524条,其中618条unigene中检测到643个EST-SSR位点,SSR发生频率为2.63%,平均分布距离为12.86 kb。在643个EST-SSR中,二、三核苷酸重复是主要重复类型,分别占27.84%和69.36%,其中(AG/CT)n、(AAG/CTT)n出现频率最高,(NNN/NNN)5类型占EST-SSR位点的42.90%。利用PRIMER3.0设计358对引物,随机合成45对引物,并选用其中11对扩增较好的多态性引物,对43份胡椒种质的遗传多样性进行初步检测,构建聚类分析树状图。结果说明,胡椒EST-SSR标记的开发是可行的,并能够有效的用于胡椒遗传分析研究,具有较高的应用价值。

主 题 词：胡椒 转录组 EST-SSR 遗传多样性分析 

学科分类：09[农学] 0901[农学-植物生产类] 

D　O　I：10.3969/j.issn.1000-2561.2015.02.004

馆 藏 号：203612798...