大豆EST序列长度与SSR特性的关系

作     者：詹少华 盛新颖 樊洪泓 蔡永萍 林毅 ZHAN Shao-hua;SHENG Xin-ying;FAN Hong-hong;CAI Yong-ping;LIN Yi

作者机构：皖西学院化学与生命科学系安徽六安237012 安徽农业大学生命科学学院安徽合肥230036 

基　　金：安徽高校省级自然科学研究重点项目资助(KJ2008A089) 

出 版 物：《大豆科学》 (Soybean Science)

年 卷 期：2009年第28卷第2期

页      码：204-209页

摘      要：为了分析大豆EST-SSR的特征和比较其不同长度EST序列中的SSR特性,从NCBI下载了大豆EST序列,应用SSRIT搜索SSR,分析了20183个无冗余的EST序列,发现了1747个EST序列(8.66%)含有SSR,长度超过400bp的EST序列含SSR的比例为10.05%,而长度在400bp以下的EST序列SSR的比例为4.74%。二核苷酸和三核苷酸SSR是大豆EST-SSR的主要类型,分别的60.45%和37.04%,最常见的SSR基元是:AT、AG、AAT、AC、AAG、ACG。在1798个EST-SSR中,51.45%的长度大于12bp,13.35%长度大于20bp。推断NCBI大豆EST数据库中含有123527个SSR,大豆EST-SSR可用于大豆分子标记,具有重要的开发价值,为有针对性设计EST-SSR引物奠定基础。

主 题 词：大豆 表达序列标签 EST—SSR 序列长度 重复基元 

学科分类：09[农学] 0901[农学-植物生产类] 

核心收录：

馆 藏 号：203625521...