基于RAD-seq技术的鹅掌楸基因组SNP标记开发

作     者：陆叶 龙晓飞 王鹏凯 陈金慧 施季森 LU Ye;LONG Xiaofei;WANG Pengkai;CHEN Jinhui;SHI Jisen

作者机构：南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室江苏南京210037 南京林业大学南方现代林业协同创新中心江苏南京210037 苏州农业职业技术学院江苏苏州215008 

基　　金：江苏省高校“青蓝工程”创新团队项目(2016) 江苏省林业科技创新与推广项目(LYKJ42) 江苏高校优势学科建设工程资助项目(RAPD) 江苏省高等职业院校专业带头人高端研修资助项目(2018GRGDYX070) 

出 版 物：《南京林业大学学报（自然科学版）》 (Journal of Nanjing Forestry University：Natural Sciences Edition)

年 卷 期：2019年第43卷第4期

页      码：1-7页

摘      要：【目的】开发大量可靠的SNP标记,为鹅掌楸高密度遗传连锁图谱的构建和基于基因组的林木选择育种提供分子基础。【方法】从北美鹅掌楸NK基因型为母本、鹅掌楸LS基因型为父本的F1代杂交群体中,选取198株个体为作图群体。用限制性内切酶EcoR I对包括2个亲本和198个子代在内的200个单株的基因组DNA进行酶切,构建RAD(restriction-site associated DNA)文库并进行RAD-seq测序。采用读长为91 bp的双末端测序。2个亲本的平均测序深度为2×,198个子代的平均测序深度为0.8×,平均产量为1.94 Gb,共获得约387.21 Gb数据。用Stacks软件将每个样品的RAD-reads作生物信息学分析,对候选位点进行卡方检验和缺失率检验,再将符合孟德尔遗传的标记及与之相对应的RAD-tag序列和鹅掌楸参考基因组序列进行比对。最后,从本研究开发的SNP标记中选取27个候选SNP位点,设计引物,对随机挑选的16个F1代进行PCR扩增并将结果进行测序,同时验证SNP的有效性。【结果】从候选群体中共鉴定到22 019个SNP位点,符合孟德尔遗传规律的标记为4 233个,最终获得3 501个候选SNP标记。SNP验证中,共有293个SNP标记完成测序并能判读结果,所有位点都为SNP位点,共有194(66.2%)个SNP变异类型得到了验证。【结论】基于RAD-seq技术和鹅掌楸参考基因组序列为基础的策略,能够作为一种快速有效的手段,实现大规模的分子标记开发,可用于鹅掌楸等林木的高密度遗传图谱的构建。

主 题 词：北美鹅掌楸 鹅掌楸 限制性位点关联DNA测序(RAD-seq)技术 SNP标记 遗传连锁图谱 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 07[理学] 071007[071007] 

核心收录：

D　O　I：10.3969/j.issn.1000-2006.201806010

馆 藏 号：203698000...