云南玉龙与青藏高原鼠疫菌差异序列的比对研究

作     者：王梅 唐新元 海荣 俞东征 梁莹 张恩民 张志凯 申小娜 李伟 Wang Mei;Tang Xinyuan;Hai Rong;Yu Dongzheng;Liang Ying;Zhang Enmin;Zhang Zhikai;Shen Xiaona;Li Wei

作者机构：青海省地方病预防控制所鼠疫防控与研究重点实验室西宁811602 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室北京102206 

基　　金：青海省自然科学基金项目(2017-ZJ-Y22) 青海省医药卫生科技项目指导性计划课题(2016-wjzdx-38) 青海省地理空间信息技术与应用重点实验室基金(QDXS-2017-05) 

出 版 物：《中华地方病学杂志》 (Chinese Journal of Endemiology)

年 卷 期：2019年第38卷第7期

页      码：530-535页

摘      要：目的观察云南玉龙鼠疫菌株D106004和青藏高原鼠疫菌株Z176003在基因组上的差异及遗传学特征。方法应用BLAST软件,将鼠疫D106004和Z176003菌株编码序列(CDS)进行差异比对。选取22个差异CDS,设计相应引物22对,在来源不同(青藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地和云南齐氏姬鼠、大绒鼠鼠疫自然疫源地)、时间跨度约50年、分布地区包括西藏、青海、四川、甘肃、云南的6种生态型119株鼠疫代表性菌株进行PCR扩增,并将PCR产物测序验证。菌株均来自中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室。结果119株鼠疫代表性菌株的22个差异CDS,PCR扩增产物实际测序结果累计序列长度为2.13 × 10^6 bp;差异CDS在云南玉龙D106004与青藏高原Z176003菌株所属疫源地内119株鼠疫代表性菌株中同源性较高,78.2%(2 047/2 618)序列不存在差异,21.8%(571/2 618)序列上存在缺失、错义、移码3类基因突变差异。差异特征在疫源地6种生态型鼠疫菌株中稳定存在,呈现6种不同的地理分布。结论云南玉龙D106004和青藏高原Z176003菌株,二者同源性较高,亲缘关系相近,基因组上存在的差异较小,但不同生态型菌株的遗传性特征稳定存在.

主 题 词：鼠疫(耶尔森氏)杆菌 自然疫源地 编码序列 基因比对 

学科分类：1004[医学-公共卫生预防医学类] 100401[100401] 10[医学] 

D　O　I：10.3760/cma.j.issn.2095-4255.2019.07.004

馆 藏 号：203700705...