二酮酸化合物与HIV-1整合酶识别的分子模拟研究

作     者：杜文义 胡建平 左柯 代田洋 刘嵬 梁立 苟小军 Du Wen-yi;Hu Jian-ping;Zuo Ke;Dai Tian-yang;Liu Wei;Liang Li;Gou Xiao-jun

作者机构：成都大学药食同源植物资源开发四川省高校重点实验室四川抗菌素工业研究所成都610052 

基　　金：国家自然科学基金(No.11247018和No.11147175) 四川省教育厅科研重点项目(No.12ZA066) 乐山市科技计划项目(No.14SZD018) 

出 版 物：《中国抗生素杂志》 (Chinese Journal of Antibiotics)

年 卷 期：2016年第41卷第3期

页      码：200-211页

摘      要：目的研究二酮酸类化合物（diketoacids，DKAs）与HIV-1整合酶（integrase，IN）的分子识别机制和二者复合物的构象变化，为预测同类化合物抑制活性提供理论支持。方法使用AutoDock程序包将10个二酮酸类化合物与整合酶进行了分子对接，得到一系列对接复合物模型。选取其中两个抑制活性有明显差异的复合物进行了15ns的分子动力学模拟，并从能量和氢键的角度分析了二者与HIV-1整合酶识别的关键残基。结果二者特异性识别主要依靠与DDE基序形成的氢键，结合在由1141～M154，W61-L63和V77构成的口袋中，与实验数据吻合。基于分子动力学模拟轨迹做了结合自由能分解，其中范德华能项与IgIC50有较高的线性相关，结果表明该方程可用于此类化合物的活性预测。结论氢键是抑制剂维持活性及复合物稳定的重要作用力。结合自由能中的疏水作用与抑制活性有明确的相关性。对后续HIV-1整合酶抑制剂设计具有一定的指导意义。

主 题 词：二酮酸类 HIV-1整合酶 分子对接 分子动力学模拟 自由能分解 

学科分类：1007[医学-药学类] 100705[100705] 10[医学] 

D　O　I：10.13461/j.cnki.cja.005693

馆 藏 号：203705564...