基于转录组数据高通量发掘扶桑绵粉蚧微卫星引物

作     者：罗梅 张鹤 宾淑英 林进添 LUO Mei;ZHANG He;BIN Shu-Ying;LIN Jin-Tian

作者机构：仲恺农业工程学院外来有害生物预警与控制研究所广州510225 

基　　金：农业部公益性行业科研专项(201103026) 

出 版 物：《昆虫学报》 (Acta Entomologica Sinica)

年 卷 期：2014年第57卷第4期

页      码：395-400页

摘      要：【目的】扶桑绵粉蚧Phenacoccus solenopsis Tinsley是我国重要的检疫性害虫。简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)研究在遗传图谱和物理图谱的构建、分子标记辅助育种、品种鉴定、基因定位、遗传多样性、动植物分类和进化等方面具有重要意义。筛选的SSR引物将为扶桑绵粉蚧遗传多样性分析、进化分析及入侵生物学等奠定基础。【方法】利用高通量搜索的方法对扶桑绵粉蚧转录组中28 120条unigenes的数据进行搜索。【结果】共找到1 781个SSR位点。扶桑绵粉蚧转录组中SSRs的主要重复类型是单核苷酸重复,占SSR总数的89.44%;其次是三核苷酸重复,占SSR总数的7.52%。单核苷酸重复里主要是A/T基序,占了总量的87.42%。基于筛选的SSRs,运用Primer 3软件进行引物的批量设计,共有481个unigenes成功设计引物,共设计出1 228对引物。【结论】研究表明利用扶桑绵粉蚧转录组数据开发SSR标记是可行的,本研究开发的引物将为扶桑绵粉蚧遗传多样性分析、进化分析及入侵生物学等奠定基础。

主 题 词：扶桑绵粉蚧 转录组 简单重复序列 微卫星DNA 引物 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 071010[071010] 07[理学] 

核心收录：

D　O　I：10.16380/j.kcxb.2014.04.005

馆 藏 号：203720073...