辣椒EST资源的SSR信息分析

作     者：盛文涛 邓建兰 饶友生 柴学文 尧云萍 Sheng Wentao;Deng Jianlan;Rao Yousheng;Chai Xuewen;Yao Yunping

作者机构：南昌师范学院生物技术研究所 

基　　金：江西省教育厅科技项目(GJJ161243) 南昌师范学院11531工程项目共同资助 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2019年第17卷第14期

页      码：4698-4703页

摘      要：为了在辣椒中开发EST-SSR功能性标记,对来源于NCBI公共数据库中EST序列进行简单重复序列搜索,共获得了非冗余序列110 396条和6 182个EST-SSR,平均每相隔11.23 kb/SSR。在所有的650种重复基序中,二核苷酸重复基序的SSR所占比例最高为45.6%,其次是三核苷酸(30.2%)和六核苷酸(16.3%)。其中,GA/TC出现的频率最高有767次,占全部重复基序的12.41%(767/6 182)。在收集获得的6 182个EST-SSR位点中,共设计出5 874对引物,并随机合成了30对引物进行SSR位点扩增,其中27对扩增出产物;24对有清晰的目标扩增条带,占引物总数的80%;且所检测出的辣椒等位基因数量丰富,平均4.93个/对。这些EST-SSR标记的开发,将有助于辣椒分子遗传的研究。

主 题 词：辣椒(Capsicum annuum L.) NCBI EST-SSR 等位基因 

学科分类：09[农学] 0902[农学-自然保护与环境生态类] 090202[090202] 

D　O　I：10.13271/j.mpb.017.004698

馆 藏 号：203727211...