面向FPGA的RNA二级结构预测并行算法研究

作     者：徐琳 李晓民 谭光明 刘新春 卜东波 冯圣中 孙凝晖 XU Lin;LI Xiao-Min;TAN Guang-Ming;LIU Xin-Chun;BU Dong-Bo;FENG Sheng-Zhong;SUN Ning-Hui

作者机构：中国科学院计算技术研究所国家智能中心 

基　　金：中国科学院知识创新工程重大项目基金(KSCX2-SW-223) 国家自然科学基金(60403025)资助~~ 

出 版 物：《计算机学报》 (Chinese Journal of Computers)

年 卷 期：2006年第29卷第2期

页      码：233-238页

摘      要：动态规划是RNA二级结构预测最主要的算法,文中提出一种对动态规划矩阵采用分块技术的细粒度并行算法,通过对数据依赖关系的分析,引入了流水的策略,提高了算法的效率.在时钟模拟器上验证了算法的正确性,获得了一系列关于并行加速比、空泡率、存储访问带宽等问题的模拟结果,确定了FPGA PE阵列设计中的基本参数,为FPGA成功实现奠定了基础.

主 题 词：RNA 二级结构预测 FPGA 并行 流水 

学科分类：0810[工学-土木类] 0808[工学-自动化类] 0839[0839] 08[工学] 0835[0835] 0811[工学-水利类] 0812[工学-测绘类] 081202[081202] 

核心收录：

D　O　I：10.3321/j.issn:0254-4164.2006.02.006

馆 藏 号：203732073...