HIV-1非核苷类逆转录酶抑制剂药效团模型构建及新抑制剂的搜索

作     者：肖泽云 李凯 李爱秀 王晓辉 刘勇庆 XIAO Ze-yun;LI Kai;LI Ai-xiu;WANG Xiao-hui;LIU Yong-qing

作者机构：武警后勤学院基础部药物设计实验室天津300309 天津市职业与环境危害生物标志物重点实验室天津300309 武警后勤学院训练部教保处天津300309 武警后勤学院附属医院药剂科天津300162 

基　　金：国家自然科学基金项目(81241114 30472166) 天津市科技攻关计划重点科技攻关专项基金资助项目(06YFGZSH07000) 

出 版 物：《武警后勤学院学报（医学版）》 (Journal of Logistics University of PAP（Medical Sciences）)

年 卷 期：2016年第25卷第2期

页      码：85-89,80页

摘      要：【目的】构建I型人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus type 1,HIV-1)非核苷类逆转录酶抑制剂(nonnucleoside reverse transcriptase inhibitors,NNRTIs)的药效团模型,通过对中药化学数据库(traditional Chinese medicine database,TCMD)的搜索,在中药中寻找新型抗耐药的NNRTIs。【方法】从已知的NNRTIs与逆转录酶复合物的晶体结构出发,通过构象分析和药效团识别等方法,构建NNRTIs的药效团模型并检验其可靠性;基于药效团模型对TCMD进行数据库搜索,发现新型潜在的NNRTIs。【结果】从PDB中检索出2010年至2014年RT与NNRTIs复合物的晶体结构30个,从中抽提出其活性配体,建立了一个包含30个活性配体的小分子数据库;通过对上市药物TMC278和TMC125及高活性抑制剂DJZ的构象叠合和药效特征基团分析构建了新的NNRTIs药效团模型,该模型包含了5个药效特征基团;以符合这5个药效特征基团中任意4个为条件,在活性配体小分子数据库中验证性搜索出18个化合物,检出率为60.0%;基于五点药效团模型对TCMD进行数据库搜索得到272个化合物。【结论】以TMC278、TMC125和DJZ构建的五点药效团模型,以符合其中任意4个为条件,在活性配体小分子数据库中的检出率达到60.0%,表明所建药效团模型是可靠的。

主 题 词：I型人类免疫缺陷病毒 非核苷类逆转录酶抑制剂 活性配体分子 药效团模型 数据库搜索 

学科分类：1007[医学-药学类] 10[医学] 

D　O　I：10.16548/j.2095-3720.2016.02.001

馆 藏 号：203736323...