基于山茶转录组的SSR标记开发及亲缘关系分析

作     者：潘丽芹 李纪元 李绍翠 范正琪 殷恒福 何丽波 Pan Liqin;Li Jiyuan;Li Shaocui;Fan Zhengqi;Yin Hengfu;He Libo

作者机构：中国林业科学研究院亚热带林业研究所浙江富阳311400 台州科技职业学院园艺植物研究所浙江台州318020 湖南农业大学园艺园林学院湖南长沙410128 

基　　金：浙江省农业(林木)新品种选育重大科技专项(2016C02056-12) 政府间国际科技创新合作重点专项(2016YFE0126100) 

出 版 物：《北京林业大学学报》 (Journal of Beijing Forestry University)

年 卷 期：2019年第41卷第7期

页      码：111-120页

摘      要：【目的】开发基于山茶转录组的EST-SSR分子标记,并应用该标记进行山茶种质的亲缘关系分析。【方法】本研究以山茶叶片转录组测序所获得的50 518条Unigenes为背景数据,利用MISA软件搜索SSR标记,设计并筛选SSR多态性引物,对8份山茶种质进行了UPGMA聚类。【结果】共检索到13 197个SSR位点,SSR的发生频率和分布频率分别为19.52%、26.12%,平均分布距离为4.33 kb;在6种SSR重复类型中,以单、二、三核苷酸这3种重复类型为主,分别占48.420%、34.917%和15.473%;出现频率高的基序类型为A/T、AG/CT和AT/TA,占总SSR位点的79.61%;三核苷酸中以AAG/CTT、ACC/GGT、AAT/ATT类型居多;在设计出的10 974对引物中,随机选用其中90对引物进行多态筛选,73对引物扩增产物与预期大小一致,有效扩增率为81.11%,29对引物存在扩增多态性,占39.73%。扩增得到72个等位基因,有效等位基因数平均达到3.264;观察杂合度和期望杂合度的平均值分别为0.208和0.638,引物多态信息含量平均为0.496;8份山茶种质在相似系数为0.58时,可以分为4类:山茶原种为Ⅰ类,‘黑蛋石’、‘红叶黑魔法’和‘黑骑士’为Ⅱ类,‘黑魔法’和‘金华美女’分别为Ⅲ类和Ⅳ类。【结论】山茶转录组测序的Unigenes信息可作为SSR标记开发的有效来源,为山茶的遗传多样性研究、亲缘关系鉴定以及分子标记辅助育种等奠定了一定的理论基础。

主 题 词：山茶 转录组 SSR 标记 亲缘关系 

学科分类：0830[工学-生物工程类] 090706[090706] 0907[农学-草药学] 0829[工学-安全科学与工程类] 09[农学] 0901[农学-植物生产类] 

核心收录：

D　O　I：10.13332/j.1000-1522.20190101

馆 藏 号：203743856...