猪MMP9基因的序列及分子进化分析

作     者：吴潇 王起山 潘玉春 WU Xiao;WANG Qi-shan;PAN Yu-chun

作者机构：上海交通大学农业与生物学院上海200240 

基　　金："973计划"(2006CB102102和2004CB117502) 沪农科攻字(2005)第3-2号 948项目2004-Q3-07资助 

出 版 物：《上海交通大学学报（农业科学版）》 (Journal of Shanghai Jiaotong University(Agricultural Science))

年 卷 期：2009年第27卷第1期

页      码：34-38页

摘      要：MMP9属于基质金属蛋白酶(matrix metalloproteinase,MMP)家族成员,该家族是细胞外基质(extracellular matrix,ECM)降解过程中必不可少的酶。通过分析NCBI数据库中猪MMP9基因的序列,发现存在长为500 bp的不匹配区域,针对该区域设计两对引物进行扩增,得到猪MMP9基因确切的基因组序列,并发现10处碱基替代和1处插入突变。结合NCBI中已有的14个物种MMP9的氨基酸序列,利用生物学软件进行了分子进化分析,得到如下结果:(1)聚类分析显示,14个物种明显归为2类,8个哺乳动物种为一紧密类群,鸡与爪蟾和鱼类聚为一松散类群,该聚类结果与公认的动物分类及进化关系密切吻合;(2) PAML4的Branch模型预测显示,猪、牛与马在分化过程中MMP9基因受到纯化选择作用(ω=0.2297);Site模型预测显示,猪MMP9基因有11个点为正选择氨基酸位点。

主 题 词：猪 MMP9 分子进化 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 07[理学] 08[工学] 0905[农学-林学类] 09[农学] 071007[071007] 0836[0836] 090501[090501] 

D　O　I：10.3969/j.issn.1671-9964.2009.01.007

馆 藏 号：203779165...