茶树EST-SSRs特点及应用

作     者：刘本英 孙雪梅 蒋会兵 李友勇 宋维希 马玲 矣兵 汪云刚 王平盛 LIU Benying;SUN Xuemei;JIANG Huibing;LI Youyong;SONG Weixi;MA Ling;YI Bing;WANG Yungang;WANG Pingsheng

作者机构：云南省农业科学院茶叶研究所云南勐海666201 

基　　金：云南省农科院茶叶所所列项目(2009A0937) 国家现代农业产业技术体系(茶叶)建设项目 云南省自然科学基金重点项目(2006C0012Z) 

出 版 物：《西北农业学报》 (Acta Agriculturae Boreali-occidentalis Sinica)

年 卷 期：2011年第20卷第3期

页      码：161-167页

摘      要：利用NCBI公共数据库下载获得的3 306条茶树EST,去除其中低质量和冗余的序列,得到全长为635.46 kb的1 335条无冗余EST,在这些序列中共发现216个SSR,分布于185个EST中,出现的频率为16.18%,平均每2.94 kb的表达序列中有1个SSR。茶树的EST-SSR类型丰富,其中二核苷酸重复出现的频率最高,占主导地位。利用Primer 5.0软件从185条含有SSR的EST中设计引物100对,从中随机选取60对引物检测EST-SSR在云南茶树资源中的多态性。结果表明,有30对引物在供试的63份茶树资源中得到有效扩增,并具有多态性;共检测到等位基因数71个,每对引物检测出的等位基因数2~8个,平均4.9个;多态信息量（PIC）变幅为0~0.731,平均为0.499;观察杂合度变幅为0~0.970,平均0.392。EST-SSR标记分析表明云南茶树资源具有较高的遗传多样性。

主 题 词：茶树 云南 EST-SSRs 多态性 

学科分类：09[农学] 090203[090203] 0902[农学-自然保护与环境生态类] 

D　O　I：10.3969/j.issn.1004-1389.2011.03.031

馆 藏 号：203780144...