CHAP抗生酶数据库的构建及其信息分析

作     者：唐立成 吴宏宇 黄青山 Tang Li-cheng;Wu Hong-yu;Huang Qing-shan

作者机构：复旦大学生命科学院遗传学研究所遗传工程国家重点实验室上海200433 上海高科联合生物技术研发有限公司上海201206 

基　　金：上海张江国家自主创新示范区专项发展资金重点项目(No.201705-PD-JQ-C1085-032) 上海市国际科技合作基金项目(No.15430700300) 上海市科委科研计划项目(No.15441907500) 

出 版 物：《中国抗生素杂志》 (Chinese Journal of Antibiotics)

年 卷 期：2019年第44卷第8期

页      码：904-909页

摘      要：目的建立CHAP抗生酶数据库,对已知的CHAP抗生酶信息进行收集整理,为研究其功能机制,和设计研发新型CHAP抗生酶提供帮助。方法收集公共数据库和科学文献中的CHAP抗生酶信息,使用UniProtKB,InterPro,PDB,GO和BioPerl进行信息关联和信息注释;使用Apache,MySQL,PHP,Perl和jQuery构建数据库及WEB页面。结果构建了基于WAMP架构的CHAP抗生酶数据库(http://***/database/chap),包含来自于263种来源的1572种CHAP抗生酶,WEB界面提供浏览、搜索和统计信息等功能,允许用户以自定义的搜索标准快速获取数据,并对CHAP抗生酶的序列、结构、来源、功能、物化性质等信息进行分析。结论本研究建立的CHAP抗生酶数据库作为抗生酶研究的一个独特工具,具有多种潜在的应用,为进行CHAP抗生酶研究的研究者提供了一个极有用的研究平台。

主 题 词：细菌耐药性 抗生酶 CHAP结构域 数据库 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 1007[医学-药学类] 100705[100705] 07[理学] 09[农学] 10[医学] 

核心收录：

D　O　I：10.3969/j.issn.1001-8689.2019.08.003

馆 藏 号：203780341...