三岛柴胡基因组Survey分析及SSR位点挖掘

作     者：朱楚然 徐娇 都明理 王丽红 隋春 魏建和 ZHU Chu-ran;XU Jiao;DU Ming-li;WANG Li-hong;SUI Chun;WEI Jian-he

作者机构：中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所中草药物质基础与资源利用教育部重点实验室濒危药材繁育国家工程实验室北京100193 佳木斯大学黑龙江佳木斯154007 

基　　金：四川省科技支撑计划项目(2016NYZ0020) 中国医学科学院医学与健康科技创新工程(重大协同创新项目)(2016-I2M-2-003) 

出 版 物：《中国中药杂志》 (China Journal of Chinese Materia Medica)

年 卷 期：2019年第44卷第18期

页      码：3960-3966页

摘      要：柴胡是我国传统中药材,主要用于治疗感冒及保肝护肝等。三岛柴胡是日本栽培品种,在我国和韩国等国家地区亦有种植。在大规模全基因组深度测序之前,需要进行低覆盖度的基因组Survey测序,以评价基因组的大小及复杂程度,确定适合该植物全基因组测序研究策略。该研究采用二代高通量测序技术(Illumina Hiseq 2000)进行了三岛柴胡的Survey测序分析,并对所获得基因组序列进行了SSR分析,利用Primer 3设计SSR特异引物并随机选择33对引物以三岛柴胡DNA为模板,进行PCR扩增,对PCR体系以及最佳退火温度进行筛选。共获得了288.64 G基因组数据,估计基因组大小为2119.58Mb,测得基因组数据深度为138×,杂合率为1.84%,重复序列比例为83.89%,推测三岛柴胡基因组属于复杂基因组。采用K-mer=41初步组装,得到contig N50224 bp,总长896.97 Mb,scaffold N50313 bp,总长922.67 Mb。三岛柴胡基因组序列数据中,共检测到91377条SSR序列,分布于70809条独立基因。主要类型为二核苷酸重复,存在49680条,占比70.16%。在合成的33对引物中,有21对引物成功扩增出目标条带。研究结果为后续大规模基因组测序、开发鉴定柴胡种质和性状定位的SSR分子标记奠定了基础。

主 题 词：三岛柴胡 基因组Survey分析 SSR标记开发 

学科分类：1008[医学-中药学类] 1006[医学-中西医结合类] 100602[100602] 10[医学] 

核心收录：

D　O　I：10.19540/j.cnki.cjcmm.20190730.103

馆 藏 号：203785692...