沙打旺EST-SSR分子标记开发及其遗传多样性分析

作     者：宫文龙 王赞 赵桂琴 马琳 韦宝 龚攀 刘希强 GONG Wen-long;WANG Zan;ZHAO Gui-qin;MA Lin;WEI Bao;GONG Pan;LIU Xi-qiang

作者机构：甘肃农业大学草业学院草业生态系统教育部重点实验室中-美草地畜牧业可持续发展研究中心甘肃兰州730070 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所北京100193 

基　　金：农业部牧草种质资源保护项目(2013014) 国家自然科学基金(31272495)资助 

出 版 物：《草业学报》 (Acta Prataculturae Sinica)

年 卷 期：2019年第28卷第11期

页      码：147-158页

摘      要：沙打旺是一种高产优质、抗逆性强的多年生异花授粉豆科牧草,但分子标记的缺乏限制了其在遗传育种等方面的研究和利用。本研究旨在开发大量沙打旺EST-SSR分子标记,为沙打旺种质改良和遗传多样性分析提供参考资源。首先利用De novo转录组测序技术对两个沙打旺种质(CF019650, CF020070)进行RNA-seq测序,并对测序数据进行拼接获得总长度为190587631 bp的151516个unigenes。进一步在其中的30262个unigenes中检测到39163个EST-SSR位点,SSRs分布频率为25.85%。其中6635 (21.93%)条unigenes含有两个及以上SSR位点,复合SSRs有3514个(11.61%)。对所有EST-SSR位点进行引物设计,共得到22367对特异性引物。利用两个沙打旺种质(CF019650, CF020070)对随机合成的100对引物进行初步筛选,其中90对可扩增出目的特异性条带。随机选择其中51对引物对27个沙打旺种质的遗传多样性进行评估,结果表明:51对引物的平均等位基因数、平均多态性信息含量(PIC)、平均期望杂合度(He)和平均观测杂合度(Ho)分别为8.750、0.682、0.719和0.730。主成分及聚类分析结果揭示不同生态型(匍匐或直立)沙打旺种质的遗传分布具有明显的种质特异性,且聚类结果与其地理来源之间具有较高的相关性。新开发的EST-SSR分子标记可促进沙打旺遗传改良和基因组学研究,有助于沙打旺分子标记辅助育种、QTL定位和遗传变异分析。

主 题 词：沙打旺 EST-SSR 转录组 遗传多样性 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 090503[090503] 0909[0909] 0905[农学-林学类] 0818[工学-交通运输类] 09[农学] 0903[农学-动物生产类] 0901[农学-植物生产类] 0902[农学-自然保护与环境生态类] 0833[0833] 0713[0713] 0834[0834] 

核心收录：

D　O　I：10.11686/cyxb2018802

馆 藏 号：203820376...